隨著與系統的對話，一個發生在很久以前的戰爭故事漸漸揭開了它神秘的畫卷，此時，他們才對過去幾個世紀發生的事情真正有所了解。
與沈奕他們所知的不同，反抗其實並不是每個紀元末發生一次。
確切地說，從第一紀開始，人類冒險者對主宰統治的反抗就從來沒有停止過。
由于最早期的時候，主宰並沒有意識隱藏自身存在的重要性，冒險者們在很早的時候就知道主宰並不是神，他們不過是一群竊居了神的空間，偷竊了神的力量的另類生命。
沒有了對神的畏懼，再加上死亡的壓迫，導致冒險者的反抗從一開始就存在。
盡管在進入第二紀後，主宰退居幕後，避免過多的接觸暴露自己更多的弱點，但是那些已經流傳出來的東西，卻依然無法全面根除。
因此人類冒險者的反抗戰爭，就象是一場曠日持久的反侵略戰爭，它從未停歇過，只是烈度大小有所不同，而每一次的世紀更迭，主宰做出讓步，都是一次大規模反抗戰爭引發的必然後果。
沈奕他們現在看到的，就是其中一次大規模的反主宰行動，至于它到底是不是促成血腥都市崛起的那場第三世紀末戰爭，就連子系統都不知道了。因為在這場戰爭之後，子系統便陷入崩潰邊緣，如今的子系統已經只剩下最基礎的記憶導出功能。
在那個死亡的壓迫遠比現在高數十上百倍的時代里，為了生存與自由的權力，冒險者們想盡種種辦法來對抗主宰。
人們在激烈的斗爭中迸發出無數智慧的火花與超現實的奇跡。
子系統的創建，就是在這一基礎上展開的。
不過起初，冒險者們打算創造的並不是子系統。
「子系統的創造，是由全體冒險者聯手進行的，但是最初，冒險者們想要創造的不是子系統，而是精神湮滅六芒星陣。」
「精神湮滅六芒星陣？」沈奕重復道︰「這是什麼陣？」
「精神湮滅六茫星陣是基于亞歷山德拉?勞勒的系統構造學發展起來的一種攻擊大陣，主要針對目標就是主宰。」子系統回答︰「亞歷山德拉?勞勒，在來到血腥都市前，他是一位德國科學家，從事物理與化學方面的研究工作。在地球上的時候，他並不知名，但他卻是系統構造學的理論奠基人。系統構造學，也就是你們口中的真實煉金術。這是一種完全基于夢想空間法則建立起來的新學科，它存在的作用就是模清主宰到底在這個空間設置了怎樣的運轉規律，並找到利用它的方法。」
「偉大的想法。」沈奕贊嘆道︰「有段時間我也在研究都市的那些規則到底是什麼，可它們從未以任何方式公開出現過。這就象為你設置了法律，卻不從允許你知道法律的內容是什麼，一度讓我非常頭疼。」
「這正是亞歷山德拉?勞勒的系統構造學帶來的後果。在亞歷山德拉?勞勒的時期，主宰對各種規則的保密程度並不高，正如你所說的，既然要讓人們遵守法律，就必須先公開法律。然而對應的結果就是，亞歷山德拉?勞勒可以很輕易地掌握這世界運行的規律。如果他能活得足夠久，也許他能將整個世界的秘密全部揭開，可惜他最終沒能活到那個時候。致力于研究付出的代價就是他的實力過于弱小，而當時有許多人並沒有意識到他存在的重要性……」
在那個以生存為第一目標的時代，亞歷山德拉?勞勒從來不是什麼冒險者中的強者。由于致力于研究空間定律法則，他的生活過得可以說相當困苦與艱難。事實上絕大多數時候，在與其他冒險者並肩作戰的時期，他都是以「拖別人後腿」著稱的。
根據子系統的說法，這是一個有些笨嘴笨舌，手腳不怎麼靈便，膽子還小，戰斗的時候畏縮不前的「無能」家伙。
他曾一度讓同伴冒險者厭煩，並多次被拋棄。
然而亞歷山德拉?勞勒從未因此放棄他對空間基礎理論更加深入與徹底的研究，他堅信只要這世界還有法則，只要掌握這些法則，那麼他就會擁有最強大的力量。
但事實是他錯了。
他只是研究出了初步理論，別說未能把理論付諸實踐，就是系統構造學本身都未發展完善，他就在一次獸潮攻擊中死去。
然而就是他的系統構造學理論在後來無意中為另一名冒險者獲得，這個人就是精神湮滅六芒星陣的發起者江鴻源。
江鴻源是當時夢想空間中少有的煉金術大師。
雖然說煉金術知識其實都是偽知識，但是這些偽知識與一般意義的偽知識不同。
它並不是完全的虛假。
確切的說，煉金術的知識本身就是根據空間規則發展起來的。它就象科幻小說，有理論，有結果，只是不考慮實際操作上的諸般問題。
就象相對論告訴你，時間可以被彎曲，人可以回到過去，但這不代表通過這理論你就能完成實踐。但是有了煉金術，則可以跳過實際問題。
但是在這個空間里，江鴻源把自己擁有的知識與亞歷山德拉?勞勒的系統構造學結合起來以後，卻發現，原來彼此之間有著許多的共通之處。
亞歷山德拉?勞勒的系統構造學在于發現，江鴻源的煉金術則在于實現。
當兩者結合時，許多問題會自然而然的迎刃而解。
于是他接替了亞歷山德拉的研究，開始了真正的真實煉金術的創造。
與亞歷山德拉不同，江鴻源在空間本身就是相當強勢的人物，因此在那之後不久，江鴻源拉攏了一批有著同樣豐富的知識與經驗的冒險者與他合作，對系統構造學進行進一步的升華。
努力之外，有時還需要一些機遇。
江鴻源所處的時代，正是夢想空間第三紀時期。
這個時候，主宰已經意識到，僅僅依靠神秘性無法完成對人類的控制，所以繼第二紀的血腥紋章之後，主宰在第三紀推出了通天塔，允諾只要冒險者完成所有任務，就可以回歸，同時也接受了冒險者自我改善生活條件，創造一個荒野城市的要求。
這就是灰燼之都的由來。
當然，那個時候它不叫灰燼之都，而叫希望之城，因為通天塔就是他們回家的希望。
在起初，通天塔的存在的確緩解了冒險者的反抗情緒，因為他們的戰斗不再是毫無意義的戰斗至死，而是有了回家的可能。
但是隨著一場場戰事下來，隨著從來沒人能夠完成通天塔任務，冒險者們漸漸明白，這個所謂的希望之塔，不過是海市蜃樓般的空幻泡影，是主宰欺騙大家的手段。
他們再次憤怒了。
那個時候江鴻源對真實煉金術的研究與發展也已到了一個頂峰階段，但是受制于一些瓶頸，他依然無法完成最後的突破。
于是他想了一個辦法。
他聯合一些冒險者，開始對希望之城進行全面動工，以「擴大人類聚居地，加強防衛安全，爭取更多人的生存」為理由，對希望之城進行大規模的動工改造。
對于這一個做法，主宰當初並沒有發現任何問題。
但他們沒有意識到的是，江鴻源竟然會借著擴建希望之城的機會，同時干了兩件大事。
第一件事就是他借著破土動工擴建城市的機會，趁機接近通天塔。
通天塔是由主宰借助系統對空間能量的操縱制造出來的，它本身就是空間規則最大成的體現。江鴻源借助系統構造學，通過對通天塔的研究，竟然一舉解開了諸多當初想不通的問題，完成了一次系統構造學上的重大突破。
借助于這個突破，他獲得屏蔽主宰感知的方法。
第二件事就是他借著這個工程開始了地下六芒星大陣的建造。
六芒星大陣的建造耗時持久，一直到江鴻源死其實都未能完成，但是他活著的時候，卻為這個大陣打造了良好的基礎，並提供了理論上的消滅主宰的方法精神湮滅。
精神湮滅，顧名思義，就是直接對人的精神層面發起一次強大沖擊。由于奎雷斯人是精神體，因此這一攻擊方式對奎雷斯人是致命的。江鴻源認為他們有希望借助這個大陣將所有奎雷斯人一舉消滅。
在江鴻源死後，這個六茫星陣由他的好友兼繼承人方皓博，丹?道特以及鮑爾德繼續領導進行。
然而就在這時，一個意外出現了。
擅長于系統構建的丹?道特在一次星陣建設中，無意中發現，在一次小規模的能量沖擊試驗中，他們的星陣能量竟然與空間能量產生了一定程度共鳴。
這種共鳴可以超月兌他們起初的設計，不再是按照固定程序進行，而是可以直接下達指令。
也就是說，他們在無意中已經踫觸到了操控空間能量的門檻。
這個發現令所有人欣喜若狂，他們第一時間意識到，這可能帶給他們比期待中更多的收獲一個空間操縱系統。
他們甚至可能運用這個系統代替主宰，成為空間之神。
發展的方向因此而出現了分歧。
方皓博堅持應當優先精神湮滅，先以消滅主宰為首要目標。
丹?道特則堅持應當優先構建空間系統，滲透主宰的夢想主系統中。
鮑爾德則認為應當借助系統的力量讓自己變得更加強大，甚至成為真正的無所不能的神。
丹?道特和鮑爾德的想法雖然在用處上有所不同，但手段都是構建系統，因此這場爭議最終以兩人勝出告終。
精神湮滅大陣最終沒能成型，但還是保留了部分能力，而大陣則向著以構建系統為主的方向發展。
這一發展導致大陣的成型時間被大大拖慢，也為它的暴露帶來危機。
「理想越豐滿，現實越骨感。」沈奕嘆了口氣︰「空間系統的創造的確很偉大，但是對于任何反抗者而言，時間永遠是第一位的。過于追求終級目標的結果，必然會導致各種變故橫生。」
「的確如此。」子系統回答︰「希望之城長期擴建，早已引發了主宰的懷疑。空間系統建立完成的當天，所有參與的冒險者的徹夜狂歡，帶來的防備心理的下降。誰也沒想到，來自主宰的反擊會如此迅速。事實上系統完成才剛剛三天，主宰派出的懲罰部隊就來了……」
金剛嘆氣接口︰「然後他們遭遇了瘋狂的屠戮，一場偉大的反抗就此失敗告終。這也是一場悲劇的戰爭……它始終是發生在人類與人類之間。」
所謂的懲罰部隊，其實就是都市守衛者，也就是完成所有空間任務，已經離開都市對抗蟲族的那些最強大的冒險者。
因此主宰與冒險者之間的戰爭，最終依然是人類與人類廝殺，這是很無奈的。
出乎他的預料，子系統回答︰「不，冒險者們沒有輸。事實上，他們奮起反擊，殺光了懲罰部隊，獲得了一場前所未有的偉大勝利。」
「你說什麼？」大家同時一怔。
都市守衛者竟然會被空間內的冒險者殺光，這听起來就象畢業生輸給在校生一樣，實在是太不可思議。
系統已經回答︰「冒險者們掌握了真實煉金術的力量，他們的許多能力已經可以不需要通過主宰，有了屬于自己的力量體系。真實煉金術是完全基于空間法則建立起來的，就象是地球上的物理定律，無可改變。它就象是地球上的原子彈，誰擁有它，誰就是最強大的。」
「那後面又是怎麼回事？」溫柔也詫異問︰「如果主宰輸了，那為什麼還會有後面的事發生？」
這個問題，不等系統回答，沈奕卻已陰沉著臉接口︰「我猜……主宰被迫無奈，最終選擇了把蟲族放進來，對嗎？」
眾人腦海中同時嗡的響起。
那一刻金剛，洪浪，溫柔，胖子等人更是想起了灰燼之都那龐大如山的蟲尸，還有那蟲尸上恐怖的傷痕。
原來那不是人類迎敵蟲族入侵的戰爭，而是主宰借蟲族之手消滅反抗者的戰爭！
系統已悠然回答︰「是的，主宰將蟲族放了進來，借助于蟲族的力量消滅了反抗者，同時主宰更是冒著系統崩潰的危險，強行修改了部分空間法則。當然，這種改變只是小幅度的，太大的改變會導致主宰自己的系統也崩潰。而真實煉金術雖然強大，卻是建立在空間法則基礎上的。它在空間外不起作用，當空間法則產生變化時，也同樣不起作用。就象當汽油的熔點發生變化時，所有的汽車都無法發動。真實煉金術這一無敵力量的最大問題就在于，它所依賴的基礎太過薄弱。因此在主宰修改規則後，冒險者們便失去了他們最強大的幾種戰斗手段……」
沈奕呼的長吐出一口氣︰「所以後來冒險者們就全線戰敗，並最終退到這里，發動獻祭？獻祭到底是什麼？」
「利用子系統同樣擁有的部分操縱空間能量的能力，以自身生命為代價，完成當初一直未能實現的第三選擇……創神！」