最終，大和心滿意足的帶著酋雷姆庫存的冰龍冰晶離開了巨人洞窟，而酋雷姆也收獲了一個充滿了柔和冰之能量的居住環境。
大和相信隨著巨人洞窟的環境不斷優化，不出一年的時間，酋雷姆的力量就會重新回到神級。
當大和帶著二十多枚冰晶回到帆巴市，正在思索應該如何運用這些冰晶的時候，突然收到了神代的來電。\./手\./機\./版\./無\./錯\./首\./發~~
「前輩，怎麼想起來給我打電話了？」
「你小子還好意思說，你不是說你有辦法弄到化石神奇寶貝嗎，我就給我幾個研究協會的朋友提了幾句。」
「他們答應了你的方案，可以拿出一些資源來進行交換，前提是你要拿出活的化石神奇寶貝。可是我听說已經有人在大傻谷發現了古代神奇寶貝的化石。」
「你小子動作要是再不快一點，等到他們挖掘到足夠多的化石用來進行研究，你的活體化石神奇寶貝具備的價值就會下滑很多。」
大和可是打算利用化石神奇寶貝從研究協會，弄到一批用來熔鑄水之石板的材料。
不行，不能再在帆巴市浪費時間了，要是火箭隊三人組的炸藥將大傻谷地下，存在活生生的化石神奇寶貝這件事暴露了。
他就弄不到材料了。
「新田，收集冰屬性神奇寶貝，還有改造冰之樂園，召集冰凍團人手這三件事就交給你了。對了，記得幫我催促貓頭鷹議會，讓他們盡快幫我找到阿克羅瑪。」
新田吹了吹指甲。
「阿克羅瑪肯定在為貓頭鷹議會工作，估計現在正在進行什麼重要的實驗，不然以我們現在與議會同為等離子團的賢人，不至于連一個科學家都不肯借調給我們。」
「反正你幫我盯著點，阿克羅瑪這個人非常有價值。」
大和還指望著阿克羅瑪幫忙制作奈克洛茲瑪的合體器。
合體器對奈克洛茲瑪的作用，就像是基因之楔對酋雷姆的作用，雖然沒有這個道具，酋雷姆也能吸收捷克羅姆與雷希拉姆的力量。
可基因之楔能夠讓酋雷姆更輕易更充分的吸收他們的力量。
就像奈克洛茲瑪好不容易抓住了露奈雅拉，結果卻被索爾迦雷歐將露奈雅拉給救了出來。
雖然索爾迦雷歐最後將自己賠了進去，可如果奈克洛茲瑪有合體器的幫助，露奈雅拉根本不可能逃走。
當然，阿克羅瑪肯定是先接觸了酋雷姆和基因之楔，了解了酋雷姆融合龍之基因的相關數據。
然後前往阿羅拉地區的阿克羅瑪再收集了奈克洛茲瑪，索爾迦雷歐，露奈雅拉全部的情報，他才能制造出奈克洛茲瑪的合體器。
阿克羅瑪的專長就是研究神奇寶貝隱藏的力量和才能。
沒辦法，阿克羅瑪已經是這個世界上最頂級的科學家了，可以說是黑暗版的大木博士，而且阿克羅瑪比大木博士更擅長科學機器的開發。
如果大和想要實現他的目的，很多有關寶可夢改造的事情都離不開阿克羅瑪的幫助。
就像是寄放在大木博士後院的伊布，大木博士一點幫忙開發的想法都沒有。
如果是阿克羅瑪，伊布落到他手中，可能早就沒命了。
雖然大木博士沒有幫助大和開發伊布擁有的八種進化型的基因，可是大木博士幫助伊布穩定了體內的基因，甚至讓伊布操控這八種基因代表的屬性能量的能力有所提升。
特別是大和選定的那只伊布，體內最活躍程度就是月精靈的惡屬性基因，隨著伊布對惡屬性能量的熟悉，他現在已經能算的上擁有一半的惡屬性了。
大和原本的想法是將伊布培養成月精靈，現在他了解到了阿爾宙斯的事情，覺得伊布體內的八種進化型基因可以做做文章。
如果能夠利用好這八種基因，那麼伊布的未來不可限量……
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當然，如果能夠給伊布配上對應屬性的石板碎片，讓伊布短暫進化為進化型，然後又能退化回來的話，那就非常棒了。
不過現在最要緊的就是處理大傻谷的化石神奇寶貝。
當大和通過傳送陣出現在華藍市，然後以最快的速度出現在大傻谷，沒想到居然又遇到熟人了。
「小智，小霞，小剛，你們怎麼會在這里？」
他們三個不同于無印篇中的進度，小智現在應該已經收集到了八枚徽章，跟隨虹色之羽去尋找鳳王，朝著成為虹之勇者努力才對。
「對啊，我們就是在跟隨虹色之羽尋找天青山的具***置，然後在前面的小鎮听說了，大傻谷發現了古代神奇寶貝的化石。」
「我們就想著過來看看，主要是小智非常的激動。這還要怪小剛，沒事提什麼尼比市的化石研究所，還說他們能夠將化石復活成神奇寶貝。」
「小智瞬間就激動起來了，吵著鬧著要過來挖化石，然後擁有一只屬于自己的化石神奇寶貝。」
大和眨眨眼，有些疑惑的說道︰
「我記得我不是和你們說過，我能找到活生生的化石神奇寶貝，你們沒必要跑到這里來挖化石吧？」
小霞翻了翻白眼。
「大哥，誰知道你說的化石神奇寶貝什麼時候能到賬，我們想著還是過來挖挖化石，這個活動還是非常有意思的。」
「那你們去挖吧，我有點事要先去忙。」
小智居然真的傻乎乎的打算過去領鋤頭，挖化石。
小霞一把拉住小智的後脖領子。
「你是不是真的傻！大哥都到這里了，他說的活的化石神奇寶貝肯定就在這里，你還跑去挖什麼化石。」
「真的！？」
大和露出一抹微笑。
「跟我來吧。」
……
來到一處僻靜之處，大和將水晶大鋼蛇放了出來。
「大鋼蛇，幫我找到地下的溶洞，注意不要驚擾到了地下沉睡的神奇寶貝。」
「吼！」
水晶大鋼蛇點點頭，輕而易舉的掘開堅實的地面，他不鐘就回來了，找到了大和說的那個地下溶洞。
沿著水晶大鋼蛇開闢出來的道路，大和四人來到了地下溶洞。
小霞好奇的用手電筒看了看周圍的環境。
「這里好安靜，周圍黑漆漆的環境有點嚇人，大哥，化石神奇寶貝真的在這里？」
「當然在這里，我的情報怎麼可能會出錯，只不過他們沉睡了不知道多少年，估計他們的身體已經與周圍的環境融為了一體。」
大和揮手釋放出一股心靈波動，打算通過這種方式尋找化石神奇寶貝的蹤跡，同時輕輕喚醒他們沉睡的心靈。
他之所以不使用系統掃描，就是為了鍛煉他的能力。
有些事情只能通過大和自己才能做到，系統不是萬能的。
就算是唯一性阿爾宙斯，有些事情也只能重啟宇宙才能解決。
「找到了，跟我來。」
看著面前這塊石頭，小智手賤的上去敲了敲。
「看上去就是一塊普通的石頭而已，要不我用鋤頭將石頭打開？」
「不用。 首\./發\./更\./新`手.機.版 」
大和將手按照石頭上面，淡藍色的心靈之力被釋放，面前的岩石開始顫抖，最後一塊塊岩石碎片掉落下來，露出其中的神奇寶貝。
「菊石？」
小霞激動的大喊道︰
「好可愛！」
菊石獸被嚇得後退了兩步。
菊石獸
等級︰lv40
特性︰悠游自如
資質︰lv60
體質︰50
物攻︰40
物防︰120
特攻︰100。
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特防︰70
速度︰40
總和︰420
評價︰經過長久沉睡從大地中汲取到了充足能量的菊石獸非常具有培養價值。
「小霞，喜歡就收服他吧。」
「交給我吧。」
懵懵懂懂的菊石獸，直接被小霞散發的魅力所折服，沒有通過戰斗，直接就被收服了。
主要他剛剛睡醒腦子還沒有完全清醒，而且還被大和的心靈之力安撫，沒有多少戰斗。
大和估計菊石獸進入精靈球，應該直接就躺下睡覺了。\./手\./機\./版\./首\./發\./更\./新~~
再度釋放一股心靈波動，大和又找到了一塊挺大的岩石，如法炮制，一只鐮刀盔出現在四人面前。
鐮刀盔
等級︰lv48
特性︰戰斗盔甲
資質︰lv65
能力值情況與菊石獸差不多，大部分都提升在防御上面，需要後續通過訓練進行調整。
「好威武的神奇寶貝，我能夠感覺到他體內的岩石氣息。我一直想要培育一只類似飛天螳螂的神奇寶貝，大和前輩，這只鐮刀盔能不發交給我收服？」
「完美沒問題。」
鐮刀盔比菊石獸凶多了，不戰斗恐怕是沒辦法收服，留下小剛一個人收服鐮刀盔。
然後就是小智了。
「小智，你打算收服菊石獸，還是化石盔？」
小智模著下巴想了想。
「我感覺他們兩個都不是很符合我的心意，還有沒有其他的呢？」
「還有化石翼龍，不過你的火恐龍肯听你的話了嗎？」
小智尷尬的笑了笑，戳了戳手指。
「這個嘛～還是差了一點點，不過我已經能夠指揮他進行對戰了，平時他還是會鬧脾氣，用噴射火焰噴我。」
「這是你們羈絆的證明，說明你們的關系很好。」
大和笑著拍了拍小智的肩膀。
「不過你連火恐龍都還不能自如的指揮，恐怕很難馴服化石翼龍。」
「皮卡皮卡～」
皮卡丘站在小智的肩膀上，贊同的點點頭。
小剛與鐮刀盔的戰斗聲驚擾到了溶洞中的其他沉睡的神奇寶貝，伴隨著一聲充滿壓迫感的吼聲，一只灰色的神奇寶貝從空中略過。
「化石翼龍！？」
「沒錯。」
大和揮手將魔牆人偶釋放出來。
「精神強念！」
魔牆人偶張開雙手，淡藍色的精神波動將想要撲上來撕咬小智的化石翼龍控制在空中。
大和沒想到化石翼龍還是選擇了小智，可能他們兩個真的有緣。
「他選擇了你，你們兩個的緣分不錯，要不要嘗試著收服他。」
看著化石翼龍滿嘴的獠牙，小智心有余悸的吞了吞口水。
「還是算了吧，化石翼龍是頂級掠食者，他是吃肉的，我怕控制不住他，他一口將我給吃了。」
「你要相信皮卡丘，他一定會保護你的。」
皮卡丘眯著眼楮，自信的拍了拍胸口。
「皮卡皮卡。」
「怎麼樣，要不要試試？」
小智心虛的搖了搖頭。
「還是算了，我感覺我能找到更好的化石神奇寶貝。」
大和理所當然覺得小智這是托詞，他就是不想明說自己怕了化石翼龍。
「這只化石翼龍的確嚇人了一點，不過你可以找到承載化石翼龍基因的化石，那樣復活出來的化石翼龍會更親近人類一點。」
大和面前這只化石翼龍充滿了野性，掙月兌了魔牆人偶精神強念的控制，再度朝著他們撲上來，試圖捕食他們。
化石翼龍
等級︰lv58
特性︰堅硬腦袋
資質︰l。
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v75
明明是堅硬腦袋特性的神奇寶貝，化石翼龍居然散發著強大的壓迫感，難怪他在動畫中出場的時候能夠嚇跑鐮刀盔和多刺菊石獸他們。
魔牆人偶與化石翼龍你來我往，一時間居然還拿不下他。
大和當即用心靈之力加持魔牆人偶，瞬間用精神強念控制住化石翼龍，然後施展催眠術。
一枚紅白球飛出，化石翼龍被收服。
小智稱贊大和，然而卻因為沒有注意腳下，一腳踩到了一塊小石頭，摔倒後撲倒在一塊石頭上面。
然後石頭動了起來，露出了里面的神奇寶貝。
「頭蓋龍？」
頭蓋龍
等級︰lv30
特性︰破格
資質︰lv45
「什麼情況，這里怎麼會出現一只頭蓋龍？」
「大哥，你認識這只神奇寶貝？」
「這是活躍在神奧地區的化石神奇寶貝，現在應該已經變成了化石才對，沒想到居然在這里找到了活的。」
「小智，看來你和他非常有緣，這只頭蓋龍就交給你收服吧。」
小智也越看頭蓋龍越滿意，心中決定要收服他。
「是！」
就在皮卡丘與頭蓋龍展開戰斗之後，大和默默讓系統掃描，打算看看大傻谷的這處地下溶洞這里到底有多少的化石神奇寶貝。
這處地下溶洞只有第一世代的三種，還有你面前這只頭蓋龍。不過我發現了另外兩個溶洞，里面有第三世代和第四世代的化石神奇寶貝。
大和叫出水晶大鋼蛇，前往另外兩處溶洞，收集了一套化石神奇寶貝，一共十三只。
當然，還有給研究協會準備的化石盔，鐮刀盔，菊石獸，多刺菊石獸。
至于化石翼龍，這里居然只有面前這一只活的，那就只有給研究協會一些秘密琥珀了。 無\./錯\./更\./新`.w`.a`.p`.`.c`.o`.m
大和通過系統掃描發現這里貝殼化石，甲殼化石，秘密琥珀的數量不少，大和讓水晶大鋼蛇都挖了出來，給三人一人一套……