自麴伯雅父子遭到刺殺之後，黃明遼並沒在高昌城露面，所有的事情，皆交給李節處置。
李節率領大軍駐扎于城中，然後開始了大規模的清洗。包括麴仲斐、阿史那氏等人，盡被李節以謀刺、詐降的名義誅殺，至于城中的文武，也多被清洗干淨，只有一些上趕著投奔的漢官，留了下來。
李節在高昌城中以為「麴伯雅報仇」的名義殺戮了半個月，到最後城中再無忠于麴氏的人了。
半個月之後，一直姍姍未露面的黃明遼才再次出現，而目的便是重立新王之事。黃明遼本想廢除了高昌王的傳襲，後來想著，高昌國與焉耆國不同，而且麴伯雅和天子關系還不錯，冒然廢黜高昌王的傳襲，天子也未必會答應，還是暫且保留高昌王位，省得再給旁人以口實。
不過麴伯雅已經死了，麴伯雅的長子麴文泰也因為重傷不治，死于軍中。至于麴伯雅的其他子嗣，或是死在了之前麴仲斐發動的政變中，或是應著這次事件，全部為李節誅殺。
實際上麴伯雅已經沒有繼承人了。
不過沒有繼承人不要緊，還可以選個繼承人。新立的高昌王，非子嗣傳承，對國民影響有限，他若是不傻，就會抱緊大隋的大腿。
當然，挑選新的繼承人，還要走一個流程。
于是黃明遼召集高昌國僅存的文武，商議擁立新王之事。高昌國兩次大亂，再加上大隋的清洗，文武官員，十不存一，現存身份最高的，只是一個兵部司馬（兵部二把手）。
不管大隋可不會讓高昌重建政治體系，至于缺的官吏，下輩子也補不上了。
沒有高昌朝廷，從法律意義上還有缺漏。但高昌國還有一人，可為此事背書，此人便是麴伯雅的妻子華容公主高昌國王後宇文玉波。
華容公主宇文玉波，楊廣的外甥女，廣平公主與熊州刺史宇文靜禮之女。
楊氏家族人丁不旺，想找個和親公主都困難，楊廣只是無可奈何，只得從姻親中挑選。
此時華容公主尚不過十五歲，去年才嫁給麴伯雅的她，本身仍是一個孩子。
之前麴仲斐發動政變，華容公主也陷入城中。因為高昌四面皆是隋軍，麴仲斐畏懼大隋勢力，也不敢對華容公主不敬，只是將其拘在宮中，想著誅滅麴伯雅之後，再向大隋天子求婚，迎娶華容公主。隋軍攻破高昌城後，華容公主被隋軍所救。
「妾身年幼，不通時事。今大王身死，惶恐無依，諸事皆賴將軍了。」
華容公主，本就不太懂政治，且此時剛死了丈夫，面對高昌國當前的局勢，著實束手無策，也只得將一切拜托母邦的官員。
于是由李節主持，挑選了高昌國麴氏家族中，一名只有五歲的孩童，改名為智盛，過繼給麴伯雅，成為高昌國新的國王。
麴智盛年紀尚小，于是黃明遼以加強對新王教導為由，將麴智盛和華容公主，皆帶到輪台。往後這個高昌國的新國王，若是不出意外，再也不會回到自己的故鄉。
城中的官員早被李節殺怕了，因此明知大隋此舉是為了控制高昌，也沒人敢反對。更多的人想的是，只要大隋保留高昌國的社稷，總有奪回國權的一天。但眾人不知道的是，黃明遼和李節並沒有想著以這種模式在高昌待多久，只要時機合適，高昌國還是要劃入大隋版圖。
高昌國王被帶走後，李節也沒有重新任命高昌國的朝廷，反而將原本高昌國四郡十八個縣四個戍的行政編制，合並為一個郡，交河郡，並以伊吾郡郡丞梁碩為郡丞領郡事。
其余諸縣，合並為前庭（高昌城）、交河、始昌、柳中（今新疆鄯善西南魯克沁）、蒲昌（白力城，今新疆鄯善）五縣。
交河郡雖為高昌國郡，但無論是太守，還是縣令，皆為隋人擔任。甚至連軍隊，也為隋軍收編。
至此，高昌國只剩下一個名字，只等著滅亡了。
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黃明遼佔據高昌，補全了西州缺失的一塊版圖。
此時西州面積地愈千里，連亙天山南北，一個伊吾郡便治理不過來。于是黃明遼將天山以北的新附之地，沙陀磧以南，直到葉河，設北庭郡，治輪台縣，以李節兼任太守。而從葉河以西，直到阿拉山，車嶺（今新疆博羅科努山）以北，設雙河郡，治西林鎮，以蒙躍為太守。
大隋在天山以北其實只將勢力拓展到黃草泊，至于黃草泊以西，實際上根本管不了，這里還是西突厥的地盤。至于從葉河到黃草泊，也不過只有幾個屯鎮，所以這個雙河郡，不過是個名頭。
但是黃明遼仍然堅持設立雙河郡，以為大隋在天山北麓西拓的主力。
這時李節又提議，重新對大隋在西域的據點進行劃分等級。
西州總管府設立之後，一般對大城設縣，駐軍設鎮，至于新開拓、建設的城堡也為鎮，這就導致，大鎮有軍隊數千，小鎮有可能只有幾十人，嚴重影響對各地的管轄。
于是李節建議，管民的縣、鄉仍依照舊例。至于有駐軍的城池，依照駐軍數量、城池大小、人口數量，設置軍府、鎮、戍、堡四級單位。
其中駐軍不滿百的，皆為堡，設正副堡將。
戍一級，下戍駐軍一百五十人，中戍駐軍三百人，上戍駐軍五百人，戍設正副戍將；
鎮一級，下鎮駐軍八百人，中鎮駐軍一千人，上鎮駐軍一千兩百人，比照國中的鷹揚府，鎮設鎮將；
而鎮之上設軍府，一般多為兩三千人，還有成規模的胡兵。鎮、戍、堡的設置只是根據諸軍的多寡，沒有直接統屬關系。無論是鎮、戍還是堡，皆直轄于軍府。
至于一些沒有官軍駐扎，多是百姓自發組織民兵的地方，設置屯。
如此隋軍在西域的城池，多成軍管，一管軍，一管民，方便了守備與開拓。而如此改變，原本的鎮數量大為減少，整個天山北麓，只剩下西林、輪南、咸泉、蒲類、金滿等幾個鎮。
此時軍府尚只有焉耆一地。