當運河岸邊的工程營亂子剛起的時候，黃明遠便已經發現了騷亂的情況。只是此事實在出乎黃明遠的意料，這場動亂出現的時間要比黃明遠想象的早。畢竟工程營的役夫還遠沒到山窮水盡的地步，不大可能冒著殺頭的危險去作亂。而且現在天子在泗州，平叛的軍隊也在泗州。
不過事情已經發生了，不管什麼原因，容不得黃明遠再有什麼顧慮，當下最重要的事情便是平叛。
黃明遠一邊命人前往楊廣的龍舟上報叛亂情況，一面命人將他的座駕往岸邊靠。此時運河北岸一片混亂，而朝廷的指揮中樞在運河之上，通信不便，勢必要移師上岸。
黃明遠又令人在座駕之上懸掛帥旗，號令三軍。
此時楊廣也接到了侍衛的奏報，並派人授權黃明遠前往北岸平叛。望著運河北岸工程營處撲天的大火，楊廣的眼中止不住的憤怒。這些叛逆存心給他上眼藥，要讓他不痛快。爾等叛逆讓朕不痛快一時，朕便讓爾等不痛快一世。
黃明遠靠近運河北岸，直奔運河北岸的右領軍府。時右領軍府主將為黃明遠的舊部麥鐵杖，其在平楊諒之亂後以功晉右領軍府將軍。
楊廣南下之時，人數眾多，還未完工的運河並不能承載這麼大的人流，因此楊廣以左右領軍府在運河北岸，左右領左右府在運河南岸，與天子並行護衛。此時北岸的戍軍正是左右領軍府。
工程營的役夫雖然叛亂聲勢很大，但也就是在工程營內鬧騰，並沒有影響到岸邊的軍隊。
眾人眼看工程營鬧騰勢大，不敢擅專，這才使得叛亂沒有在第一時間被平定。
黃明遠到達右領軍府軍營之後，右領軍府軍營內部也出現了混亂。原來軍中忽有謀反者起事騷動，在夜間，驚亂起火，因而全軍盡受其擾。
黃明遠身邊一同宣旨的虞世基以為右領軍府協同工程營役夫叛亂，難以信任，因此勸黃明遠暫避鋒芒。
黃明遠眼看北面的叛亂越鬧越大，若是右領軍府大營一樣亂了，光靠左領軍府大營根本壓制不住。
這些役夫雖然沒有全部叛亂，但礙不住對方的裹挾。一旦讓對方成勢，便是百萬役夫同亂，到時候怕是整個泗州都要完了。
黃明遠心中清楚，這個時候，絕不能亂。
黃明遠對虞世基說道︰「雖然不知道右領軍府為什麼生亂，但這一定不會是全營盡反，若是此時把右領軍府兵當做生亂的隊伍，則是將其推到了對力面上。我想今日的叛亂必是有組織的預謀，而右領軍府的生亂也是潛藏其中的奸人故意生事，想藉此騷動去惑亂眾人而已。」
黃明遠乃令虞世基將聖旨交給自己，而其前往河南岸的左領左右府調兵，命其前往北岸平叛。
而黃明遠帶人闖入右領軍府軍營，直奔帥帳，這時麥鐵杖正在調兵平亂。
黃明遠接過指揮權，下令軍中士兵只要不是謀反者就在原地安坐勿動，黃明遠自守立于陣中，又令麥鐵杖扛著他的帥旗帶領親兵數十人，清繳軍中叛亂。很快麥鐵杖便將生亂的士兵一一消滅，並擒獲了制造動亂的首領，徹底挫敗了謀反。
黃明遠顧不上審問，便將這些匪徒全部交給陸貞，令其徹查。
此時運河之中的備身府兵也上了岸。楊廣登基之後，重整備身府，縮減為左右二府，分別是由段達、趙才二人指揮，又令親信獨孤盛、司馬德戡、宇文成都、裴虔通等人征召數千關中精銳，建立驍果軍中軍，以為親兵。
此時左右備身府登岸之後，黃明遠下令左右領軍府主力分別從東西兩個方向包夾亂軍，穩定局勢。又令段達、趙才二人指揮的左右備身府軍為中軍，直奔叛軍最集中的方向。
黃明遠要求眾人，第一要務不知殲敵，而是要將叛軍和未生亂的役夫全部隔開，防止未生亂的役夫被叛軍裹挾。
同時黃明遠又命各軍將外圍未生亂的役夫帶到西面二十里的空地安置，然後再對叛軍進行清剿。
叛軍到底有多少人不好說，但整個運河北岸數十萬人，人聲鼎沸，火光沖天，只看氣勢，猶如天地崩裂一般混亂嘈雜。這些叛軍似乎也不敢進攻軍營，反而不斷在工程營中裹挾、制造聲勢。
這是一場臨時準備的叛亂，哪怕有計劃有目標，仍然無法改變這群叛軍內部組織的混亂。數萬人的叛軍，相互之間根本不認識，更別說有效的指揮。因此混亂在一開始之後，眾人過了最初的同仇敵愾，只剩下內部的狂歡。
而造反者似乎也不在意他們目標的偏離，既然是造反，那就是造反。
整個工程營帶給人的感覺是混亂的，是哀嚎和淒慘的。那些手拿各式各樣武器的役夫，在殺了壓迫他的監工和小吏之後，一下子便從被統治者成為了統治者，因此他們盡情地狂歡，盡情地掠奪和殺戮，享受這種權利帶給他們的美好。
等到朝廷的軍隊從各個方向殺入叛軍之中後，他們毫無阻擋，便將面前的叛軍全部摧毀。
大隋的禁軍，雖然早就蛻化、腐爛，但此時至少還可以欺凌一下叛軍。
麥鐵杖是個勇將，而段達也是個狠辣之人，因此隋軍與叛軍交戰之後，眾人不斷往里面突，企圖將這些叛軍給驅散，形成倒卷的局勢。
果然不出二人所料。這些叛軍毫無抵抗力，被騎兵驅趕著四散潰逃，整個工程營更加混亂。哪里都是叛軍，哪里都是隋軍，根本逃不得命。
「投降不殺！」
「投降不殺！」
恐懼的叛軍士兵面對屠刀才知道他們做了什麼，一個個驚慌失措的抱頭跪在地上，請求活命。而段達等人狠辣無比，哪管叛軍之人投降不投降，擋在他前進路上的，一律殺死。
大隊的騎兵將這些叛軍一個個完全分割、摧毀，摧枯拉朽一般平定了這場叛亂。
黃明遠又擔心平叛大軍會大肆屠殺，因此令眾人將俘虜全部看管起來，不得隨意屠戮。這麼多的叛軍，大多都是脅從，沒幾個是真心的，官軍的屠刀總不能老是對內。