海軍成軍之後，艦隊使向南方的舟山群島，在那里建設自己的母港。雖然胡逗洲緊臨吳州，扼守長江，地理位置優越，但其距離陸地太近，很容易被其他勢力發現，生出事端。而舟山群島附近，控南扼北，又島嶼眾多，多良港，更方便走向大海。畢竟下一步，遠洋艦隊的目標還是流求（今台灣島），那里才是遠東艦隊的核心戰略基地。
而黃明遠等人，則前往胡逗洲的造船廠。
北人騎馬，男人乘船，作為南方主要的交通工具，此時江南的私人造船廠也不少。黃明遠在此建廠，並不引入注目。至于一個胡逗洲，乃荒涼窮困之地，人口稀少，以黃明遠的權利地位，很容易將其變作私人領地。
實際上這一次招安江南世家，對于黃明遠來說，最大的收獲是他準備在吳州籌建的造船廠穩了。
打造一支遠洋船隊，開啟國際貿易之先河，怕是每一個穿越人的夢想。但對于大部分人來說，這種想法很不現實。海上貿易，風險極大，雖然成功了收獲豐富，但光是打造這麼大規模的艦隊，就需要極大的投資，而這核心是造船。
現在的黃明遠已經有了兩個造船廠，一在萊州後世的威海衛，一在海州郁洲島（今連雲港地區，後成為陸地）。但相較于南方的造海技術和造海規模，這兩個北方造船廠的實力仍不夠看，不僅僅是物資、人員相對匱乏，光是人才的思想觀念就差距很大。所以黃明遠決定在江南再建設一個大型造船廠，作為遠洋艦隊的母船廠。
這個時代最重要的造船基地應該是揚州，揚州濱江臨海，水運發達，自古就是南北交通的重要樞紐。歷史上劉晏在擔任鹽鐵轉運使時，在揚州建成了十個大型造船工場，共造了兩千多艘船只。不過考慮到楊廣以後常駐揚州，黃明遠可不想將自己的艦隊造船廠布置到楊廣的眼皮子底下，惹他礙眼。而吳州一帶，良港無數，又靠近舟山群島，再加上自己巨大的影響力，正是發展造船業的好地方。
黃明遠早早拿下了胡逗洲和劉家港，就是瞅準了這里的優越位置。
為了建好這個船廠，黃明遠還在造船廠之中模仿了後世的制度，將管理和技術分開，由總管事負責管理船廠行政事務，而總工程師負責管理造船技術。
造船廠的總管事黃壬，原來是海州廠的總管事，黃明遠的親信出身。
黃明遠很小的時候就注重培養親信，收養孤兒，然後從中挑選人才，以為己用。到今天為止，黃明遠手上最重要的四海商團，除了總攬的整伯，便是下屬的十二個大管事。這些大管事分管商團各項事務，而黃明遠則通過這十二個大管事以及培養的數十名管事來確保商團不會背叛。至于其它各處田產、莊園、船廠、礦山等地，也基本上是這種模式。
其中四海商團十二名大管事以地支命名，分別是黃子，黃丑直到黃亥。而其它產業最重要的十個管事則以天干命名，分別是黃甲，黃乙直到黃癸。之前海州刺史是黃明遠的舅舅，黃明遠便讓黃壬在海州建了第一個造船廠。花恆書院
而總設計師唐懿，則是這個時代少有的一名造船大師。
提起唐懿，後世並不知名，但他的兒子唐遜曾任揚州道造船大使，為唐太宗打造征高句麗的戰船，是一代名匠。
唐懿乃是三國時期魏安遠將軍唐咨的後人，造船世家。唐咨是歷史上少有的大運氣的人，由魏奔吳，授左將軍；復歸入魏，拜安遠將軍。因為魏國善待東吳兵士，唐咨在東吳的家室亦沒有被誅殺。後來魏國要伐吳，命唐咨在青州制作浮海大船作攻吳準備，而其中一支子孫便世居于青州。
唐懿本身出身官宦世家，祖父唐永，父親唐琌被封為平壽縣公，二人都是出身關東的關隴世家外圍人員。而唐懿本身也做到平原王長史，太子通事舍人，成為太子楊勇的心月復嫡系。
不過也是唐懿命不好，楊勇造反而亡，唐懿這個東宮重臣也被貶為華陰縣令。再後來楊儼、柳述之亂，朝堂上再次清理楊勇舊臣，唐懿也被卷入之中，下獄論死。幸好黃明遠意外知道唐懿的才能，這才保住了唐懿的性命，使其只被免除官職。
這唐懿前途無路，又懼了官差，因此黃明遠稍一招攬，唐懿便投奔黃明遠做了門客，以求得黃明遠的庇護。黃明遠便讓唐懿前往海州廠做工監，負責打造船只。
此時黃明遠在海州的造船廠發展的極其不順利，主要是缺乏人才，黃明遠招攬的一批工匠雖然技術不錯，但並不擅長總攬全局，也不懂得設計改裝，因此黃明遠提得不少建議都沒辦法落實。
而唐懿果然不負黃明遠所望。等他到了海州之後，眼看造船廠的工匠雖然技術嫻熟，但根本不知道該做什麼，整個建造過程及其凌亂。唐懿便將造船廠一分為五，各司其職。同時又令各部先建造民用小船，錘煉工序，甄選人才，培養技藝。等到大批的民船制造出來售賣出去之後，整個船廠的工作都步入正軌，而民船出售的資金也彌補了一部分虧空，船廠這才有了足夠的生命力。
這時候唐懿又從各分廠抽調大批工人，組建總廠，按照黃明遠的流水線生產方式制造各部零件，而五個分廠則成為五個裝配廠，分別負責裝配各類船只。如此一來，不過一年多的時間，海州廠生產能力大大提升，光海船就打造了二十余艘。
此時正好天子又要打造龍舟，光各類船只便需要上萬艘之多。黃明遠仗著身份的便利，便從王弘手里為海州廠拉來了一大批訂單，同時引入一大批工匠。經過這次龍舟打造，海州廠終于成為北方數一數二的大廠。
而此時江南局勢更加復雜，新建的胡逗洲船廠局勢也更嚴峻，為了自己的航海大業，黃明遠這才將唐懿調到胡逗洲，重新在此篳路藍縷，披荊斬棘。