欽察汗國初建的時候，拔都有一個弟弟叫昔班，他的封地被稱為藍帳汗國，阿布海爾就是他的後代，阿布海爾有個孫子叫昔班尼。阿布海爾一次征戰時戰死，昔班尼只得投奔東察合台的馬哈木，也就是賽義德的伯父。
馬哈木幫助昔班尼收拾殘部，重整軍馬，昔班尼利用帖木兒帝國內訌之機，打敗卜撒因的孫子巴布爾汗，佔領薩馬爾罕城，後來昔班尼攻佔呼羅珊、佔據赫拉特，整個河中地區與呼羅珊地區都歸于他手，貼木兒王朝被終結，在原疆域上，一個昔班尼汗國建立。
昔班尼帶來的人，當時被稱為月即別人，或烏茲別克人。烏茲別克這個稱呼，源于金帳汗國時的烏茲別克汗，元史稱他為月即別。金帳汗國曾十分強盛，其咸海以北，不同來源的游牧民，統被稱為烏茲別克人。
昔班尼祖父阿布海爾建立的汗國，就被稱為烏茲別克，也用烏茲別克指代其汗國境內大多數突厥語系居民。
曾經被賽義德伯父馬哈木收留並結盟的昔班尼，實力強大後反而滅了馬哈木兄弟人馬，然後把帖木兒帝國給干沒了。
賽義德這個逃跑小王子也知道自己根本不是其對手，卷了些帖木兒國殘余人馬，主動放棄了安延集，帶著人馬向東而行。
賽義德打不過昔班尼，但對付察合台東部老家的那些首領們，卻是綽綽有余，此時天山南部的首領們殘暴，早就內部矛盾重重，局勢不穩，他帶著四千余人馬，各個擊破，先取英吉沙，再奪葉爾羌。
賽義德在葉爾羌建立起自己的汗國，被稱為葉爾羌汗國，而他的兄長滿速兒汗早因不敵昔班尼而退到了吐*番一帶。
當時是正德年間。
東察合台汗國雖然因為馬哈木被昔班尼攻滅，使的只剩下東部，可賽義德的稱汗，又使的東察合台再次分為東西兩部。
可葉爾羌建立後，賽義德汗在完成對天山南部諸地的統一後，卻並沒有向東部拓展，攻滅其兄長的意思，反而派人主動聯絡，希望雙方友好相處。
滿速兒汗實力不及弟弟，也只得默認其對天山南部各城統治，雙方在阿克蘇和庫車之間的阿爾巴特會盟，賽義德表示會以滿速兒汗的名字鑄錢以示臣服，而滿速兒汗則不追究賽義德以往，承認現狀。
不過實際上東察合台仍處于分裂狀態，當時的情況，只不過是滿速兒實力不夠，打不過弟弟。而賽義德多年逃亡生活，好不容易攢點本錢，卻仍受到昔班尼的極大威脅，這時也不敢再跟哥哥內斗，只想悶聲埋頭發展壯大。
此次會盟後，兄弟倆各率人馬，開始對周邊地區進行征伐，以拓展自己勢力範圍，加強實力。
他們兄弟倆都打著戰之名，滿速兒汗因為西征無路，就只好向東征服，跟明朝爭奪哈密地區的控制權，此時明朝無暇西顧，于是嘉裕關以西，哈密和關西七衛之地盡為滿速兒汗所奪。
而賽義德則率部佔據了天山北部的草原地帶，後來乘昔班尼汗去世，汗國動蕩之機，率軍西征，連奪諸城，之後又以戰之名，向西南方向擴張，吞並了克*米爾、拉達克等地，甚至還派兵去攻打喇薩。
嘉靖十二年，這位逃跑能手，到晚年也終于成了天山一霸，拳打天山南北，腳踢蔥嶺東西，還帶著遠征軍跑去打喇薩，結果因年紀大了，高原反應嚴重，最後在趕到喇薩城下前就死掉了。
其子阿不都‧拉什德繼位，滿速兒汗聞訊，終于有膽子發兵西征，結果卻失敗而歸。
滿速汗抑郁而終，長子繼位，汗國東西兩地再次開始陷入長時間的攻伐動蕩之中。
阿不都‧拉什德為鞏固個人統治，上台之初，就大肆捕殺老臣宿將，還竭力削弱都格拉特埃米爾的權力，對外則聯盟昔班尼人來對付哈薩克人，並數次將他們擊敗，同時，西征安延集、東討吐*番，戰爭不斷。
也算是個天山小霸王。
他死後，兒子阿不都‧哈林繼承汗位，雖然汗國實力強勁，可這位汗王能力平庸，不能服眾。
東部吐*番沙汗也是統治日漸衰弱，後來北征瓦剌時，沙汗死于流矢，沙汗的叔伯弟檀速馬速繼位，葉爾羌的阿不都、哈林不滿，派他的弟弟們出兵攻佔吐*番，俘虜了速檀馬速汗。
哈林立自己弟弟馬黑麻速檀為吐*番總督，算是正式統一了東察合台，同年，馬黑麻速檀還以吐*番王的名義遣使大明朝貢，正式讓大明與葉爾羌建立聯系。
哈林死後，其弟吐*番總督入繼大統，在任時，也將其弟阿都剌因派駐吐*番為總督，又分其諸子孫鎮守各地，從而建立起自己家族統治。
不過在其死後，其子阿黑麻速檀繼承汗位後，形勢卻急劇逆轉，因為阿黑麻速檀並非長子，與蒙古傳統的長者為汗原則相背離，汗國開始動蕩。
在此期間，東部的阿都剌因火中取栗，向西擴張，奪取了焉耆等地實際控制權，公開稱汗，與佷子對峙。
此後王族大亂斗，在各地擔任總督的王族們你攻我伐，上演了一出葉爾羌汗國的八王之亂。
六十年間換了九汗，在位最短的一位汗只當了九天，還有一位汗在被趕下汗位後，時隔三年還上演了一出王者歸來，奪回汗位，又當了三年。
葉爾羌汗廷內亂不止，反倒是東部的阿都剌因趁這機會安心發展，他加強與明朝的友好往來，使的西部如水火，東部卻欣欣向榮，在位四十年，使的東部實力大增。
崇禎八年，阿都剌因去世，其長子阿不都拉哈汗繼位，利用其父四十年積聚，率兵西征，攻克阿克蘇，再佔領了葉爾羌等重鎮，重新統一汗國，然後還北上打敗了瓦剌人的進攻，並向西部發兵遠征並大獲全勝，擺月兌了長期受吉利吉斯人控制的局面。
他在位期間，利用蘇菲派滲透影響大明的河西走廊，發展貿易同時，保證東邊安穩，然後全力與衛拉特蒙古等斗爭，甚至數次西征安延集等。
在位十五年，葉爾羌有中興之勢。
不過雖然表面一統汗國，但汗國不僅是王族內斗嚴重，而且早就陷入了嚴重的教派斗爭中。
早在阿布都里木汗時期，蘇菲派開始進入葉爾羌，阿布都里木汗之子馬黑麻汗繼位後，黑山派和卓受到汗王大力支持，在葉爾羌迅速發展，隨後，白山派也進入葉爾羌。
兩派矛盾尖銳，甚至發生血腥廝殺。
白山派與黑山派本是同族、同宗、同教，只是由于所屬派的不同、觀點的差異，長期處于對立狀態。兩派由爭奪教權開始逐漸轉變為政治斗爭，白山派與黑山派的創立者都是來自中亞的納合西班底耶教團的教*瑪合圖木‧阿雜木和卓的後代。
隨著和卓勢力的崛起，兩派在葉爾羌汗國內發揮著重要作用，並在世俗統治者地支持與扶植下，不斷發展壯大，逐漸成為一股影響汗國政局的強大政治勢力。
瑪合圖木‧阿雜木及其和卓家族的興起，對葉爾羌汗國政治格局產生了很大的影響。隨著兩派斗爭的不斷加劇，葉爾羌汗國的政教關系也變得更復雜。
起初，葉爾羌汗國需要利用*教的特殊作用，維護和鞏固自己的統治地位。隨著勢力的增強，汗廷逐漸被伊勢力左右。
在葉爾羌汗國建立之前的很長一段時間里，伊教在天山的控制權都集中在額什丁和卓家族的手中。其家族由于勸導禿黑魯‧帖木兒汗皈依有功，一直操縱著汗國內的各種教事務，額什丁家族勢力得到較快發展。
葉爾羌伊教制度就是導師制，汗廷用這種制度和伊上層建立起彼此聯系，有聲望的導師往往又是伊教首領，不僅能吸引眾多教眾，而且在世俗統治者中也有極大的影響力。
說到底，就是葉爾羌汗國統治者與伊上層的各取所需。
葉爾羌實行瓦合甫土地制度，也為和卓勢力的興趣奠定了物質基礎，發展到後期，大量的土地和財富都集中到了伊與和卓手里。
他們有聲望有地位還有財富，可以說已經為推翻取代葉爾羌汗王的統治奠定了基礎，有能力建立起正叫合一的國家。
葉爾羌嚴重的內訌動蕩，本就是這些和卓們把持朝政、操縱世俗正權導致的，時局越動蕩，又反過來為他們奪權謀利提供更大便利，于是乎惡性循環。
到現在，葉爾羌境內的大小和卓們，已經可以說是凌駕在汗王之上的中叫封建主兼世俗封建主，他們的目標明顯有幾分想學喇薩那些喇嘛們，想建立家族、****的和卓正全。
現在葉爾羌汗國里，雖然是來自東部的總督統一了汗國，但和卓們的勢力已經極為強大，神王合一的諸侯領主。
阿不都拉哈汗雖然統一了汗國，把西部嫡系那些族人干翻征服，但和卓們卻沒受什麼影響。
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