1909年12月19日在多特蒙德市東北部波魯西亞1909球類俱樂部成立。40多名天主教三位一體教區青年團的成員于出于對足球運動的熱愛，也出于對負責青少年宗教工作的卡布朗-胡伯特-德瓦爾特的不滿，他們成立了波魯希亞1909球類俱樂部。俱樂部名字普魯士來源于施泰格大街上的波魯希亞釀酒廠，新俱樂部的首個目標就是要加入西德意志賽事聯合會。
德瓦爾特神甫曾親自出面試圖阻止俱樂部的成立，但沒有成功，不過他的出現使二十多名叛逆者退出了俱樂部。最終只有十八名波魯森好漢參與了俱樂部的籌建，這就是多特蒙德的前身。
球隊的第一場正式比賽于1911年11月15日在白草坪體育場打響，球隊原本的顏色為蘭白相間，但俱樂部在1913年將其改為黃色和黑色。多特蒙德隊在二十年代開始逐漸斬露頭角，在三十年代成為了多特蒙德市最具有號召力的球隊，但在與同為魯爾區的對手沙爾克04隊交手中卻屢屢鎩羽而歸，雙方球迷之間一直劍拔弩張，雙方之間的比賽被稱為魯爾德比。
1937年工業巨頭赫施要擴張他的家業，多特蒙德隊的體育場阻礙他的發展計劃，多特蒙德隊被驅逐到了國有體育場魯特埃爾德球場，並且是與其余球隊共同使用，但是在困境中誕生了多特蒙德隊的偉大球星奧古斯特蘭斯，他也成為了那個時代德國最為杰出的球員。
90年代中期多特蒙德隊的黃金時期在九十年代終于來臨，他們于1995年、1996年兩奪德甲冠軍銀盤，並為德甲貢獻了又一位歐洲金球獎得主薩默爾。多特蒙德已不滿足于在國內稱王稱霸，在1997年歐洲冠軍杯的決賽中，，陣中擁有薩默爾、安德烈斯‧穆勒、卡爾‧海因茨‧里德爾等巨星的多特蒙德在冠軍杯決賽中三比一擊敗了擁有德尚、齊達內、維耶里和皮耶羅的意甲豪門尤文圖斯，登上歐洲之巔，並在之後的豐田杯中二比零戰勝巴西格雷米奧隊一統天下。
1998年多特蒙德成為歐洲豪門g14聯盟首批14個成員之一。球隊功勛隊長佐爾克功成引退，里德爾、弗倫德、海因里希、索薩四散離去，薩默爾身受重傷有心無力，首席射手查普伊薩特狀態低迷，多特蒙德元氣受創。然而球隊陸續引進了羅西基、阿薩莫阿、揚-科勒、埃韋頓等新一批當打之年的新興球星，補進實力。
世紀之交俱樂部高層決定上市，多特蒙德成為在德國股票市場上市的第一家俱樂部。從股市上籌集的資金使得他們能夠購買羅西基等大牌，揮金如土的金元政策使得多特蒙德成為歐洲足壇一股不容忽視的強大力量，球隊也在01/02賽季再次奪得德甲冠軍。
2000年10月31日俱樂部在法蘭克福證券交易所上市。2001年薩默爾開始執教多特蒙德。俱樂部花費一億四千萬馬克買來羅西基、科勒、阿莫魯索，其中阿莫魯索的轉會費兩千五百萬歐元是當時德國俱樂部轉會費的最高記錄，次年俱樂部奪冠。
盛極必衰是永恆的規律，由于球隊管理層揮霍無度引進大牌球星，導致俱樂部入不敷出欠下一點二五億英鎊債務，財政狀況日益惡化，已經有近百年歷史的多特蒙德俱樂部逐漸走向低谷。
2005年俱樂部甚至已經到了破產邊緣，對成功的渴望卻讓曾經的德甲豪門到了窮困潦倒、瀕臨倒閉的地步，同上世紀90年代後期的鼎盛時期相比，球隊幾近崩潰。2005-2008年是俱樂部歷史上最為艱難的時期，雖然俱樂部決心要讓已經病入膏肓的病人重新復活，但窘困的財政狀況一直沒有好轉。
主教練也很有野心，但是他的願望常常由于俱樂部糟糕的經營狀況而不能實現;球迷們總是期待著球隊的成功，但他們也只能情不自願的習慣于球隊在德甲中游的成績，俱樂部為了平衡財政做出了一系列大清洗，導致球隊一直只能在聯賽積分榜中游徘徊。
當托馬斯-多爾在07-08賽季率隊拿到20年來球隊的聯賽最差戰績第十三名後，看似多特蒙德會就這樣沉淪下去，再無抬頭之日。
不過2008年被看作是大黃蜂重生的紀元年，08年夏天新的營運團隊進駐，也帶來了節省支出，增加商業活動的新理念，在經歷了多爾帶隊的失敗後，董事明白，他們真正需要的是一位能不斷激勵球隊及球迷，一位能讓俱樂部恢復往日聲望的帥才。
他們選擇了尤爾根‧克洛普，一位剛剛帶領美因茨歷史性地沖入德甲並廣受外界褒獎的少帥。他手下球隊華麗而又不失嚴謹的球風得到了德國足球界的諸多夸贊，帶著要重現多特蒙德昔日輝煌的承諾，克洛普得到了最初的兩年合同。克洛普心中自然明白，要想在多特有所作為，他必須運用一套不會讓俱樂部再陷債務泥潭的運營體系。
克洛普的球員生涯大部份時間在美因茨度過，由1990年效力到2001年退役，期間球隊一直位于德乙的中游位置，克洛普初期擔任前鋒，于1995/96賽季開始移後成為一名後衛。
退役後克洛普留在美因茨擔任主教練，執教長達八年。首兩年即帶領球隊沖擊升級資格，惟僅差一線均以第四位未能成功。2003/04賽季幸運之神終于降臨美因茨，球隊以淨勝球壓倒科特布斯取得第三位，克洛普成功帶領美因茨首次登陸德甲，其時他在科隆德國體育大學完成足球教練牌照課程，但仍需繼續修讀德甲主教練所需的甲級教練牌照課程。
2008年5月克洛普獲聘為德甲俱樂部多特蒙德的主教練，簽約兩年，2008/09賽季克洛普隨即帶領球隊贏得個人執教生涯首個錦標，以二比一擊敗拜仁慕尼黑取得德國超級杯，執教首個賽季多特蒙德取得第六位，但未能取得歐洲賽的參賽資格。