2006/07賽季，穆里尼奧帶領切爾西于足總杯決賽中以一比零擊敗曼聯奪得冠軍，奪得赴英執教以來首個足總杯冠軍，歐冠賽場半決賽切爾西兩回合一比一戰平利物浦，點球大戰惜敗，穆里尼奧帶領的藍軍再次無緣歐冠決賽。
2007年9月19日歐冠小組賽切爾西一比一戰平羅森博格隊，成為穆里尼奧下課的導火線，二十日切爾西官方正式宣布與穆里尼奧和平解約。穆里尼奧在2004年至2007年三年內為切爾西帶來了兩座英超冠軍、一座足總杯冠軍和一座聯賽杯冠軍以及一座社區盾杯冠軍。
2008年6月2日穆里尼奧經過近一年的休整後，正式取代曼奇尼成為意甲豪門國際米蘭新主帥，雙方簽約三年合同年薪九百萬歐元，穆里尼奧成為意甲歷史上最高薪及當時意甲唯一一位外籍教練。
2008/09賽季穆里尼奧很快帶領國米在意大利超級杯決賽中點球戰勝羅馬奪得第一個冠軍。並奪得俱樂部歷史上第十七個意甲聯賽冠軍。2009/10賽季穆里尼奧帶領國際米蘭蟬聯意甲聯賽冠軍，並奪得意大利杯冠軍。歐冠賽場穆里尼奧帶領的國米大放異彩，八分之一決賽以總比分三比一擊敗安切洛蒂的帶領下前雇主英超冠軍切爾西，四分之一決賽兩回合總比分二比零擊退俄超莫斯科中央陸軍，半決賽面對衛冕冠軍巴塞羅那，穆里尼奧首回合在主場三比一逆轉取勝，第二回在諾坎普體育場于大部份時間只剩十人應戰的情況下，成功以總比數三比二淘汰巴薩，帶領國米時隔三十八年再次晉級歐洲冠軍聯賽決賽，在2010年5月22日的歐冠決賽中，國米以二比零擊敗拜仁慕尼黑奪得冠軍，國米成為意大利有史以來的首支三冠王球隊。穆里尼奧也當選意大利足協評選意甲賽季最佳教練。賽季結束後穆里尼奧功成身退，告別了了國際米蘭。
2010年5月29日皇家馬德里足球俱樂部官方宣布穆里尼奧成為球隊新主帥，2010/11賽季穆里尼奧執教皇馬的第一個賽季，球隊在各條戰線被巴塞羅那全面壓制，聯賽屈居亞軍，歐洲冠軍聯賽半決賽同樣負于巴薩被淘汰，但皇馬在西班牙國王杯決賽中皇馬一比零戰勝巴薩了奪得了一個彌足珍貴冠軍。
2011/12賽季皇馬盡管在國王杯四分之一決賽被巴塞羅那淘汰，歐冠半決賽互射點惜敗于于拜仁慕尼黑，但是球隊在聯賽中表現出色，迅速佔據積分榜頭名，並逐漸拉開與第二名巴塞羅那的積分差距，2012年5月2日穆里尼奧帶領皇家馬德里提前兩輪奪得了2011/12賽季西甲聯賽的冠軍，同年奪得西班牙超級杯冠軍後，穆里尼奧創紀錄的完成了葡萄牙、英國、意大利、西班牙四國本土賽事的「大滿貫」霸業即頂級聯賽、本土杯賽及國內超級杯冠軍。
2012/13賽季穆里尼奧因更衣室和競技狀態等原因與隊長卡西利亞斯不和，把後者貶到替補席上，再加上隊內的西班牙和葡萄牙球員分化，令球隊出現內部分裂。皇馬在聯賽爭奪和國王杯決賽中分別敗給巴塞羅那和馬德里競技，奪得亞軍，歐冠賽場則在半決賽敗給多特蒙德，賽季四大皆空，2013年5月21日皇家馬德里官方宣布結束與穆里尼奧的合約，賽季結束後離任。
2013年6月3日切爾西足球俱樂部官方宣布穆里尼奧重回切爾西擔任球隊的主教練，雙方簽約四年。2013/14賽季穆里尼奧帶領切爾西最終獲得英超聯賽第三名，在足總杯賽場八分之一決賽切爾西零比二不敵曼城遭淘汰，歐冠賽場四分之一決賽首回合切爾西客場一比三負于巴黎聖日耳曼，第二回穆里尼奧帶領切爾西二比零戰勝對手，逆轉晉級四強，可惜半決賽中切爾西兩回合一比三不敵馬競，最終無緣決賽。
穆里尼奧開啟了防守反擊的新派流，其在參透防守反擊的同時，為他的執教思想加入了太多科學化和社會化的內容，其中的精髓變得越發聖殿化，其在執教國米時對整個青訓營系統的改造，讓他的足球理論不再是一個體育競技範疇，而是上升到了一個科學高度。
穆里尼奧是固執的反控球主義者，堅信控球是把雙刃劍，從波爾圖到切爾西，再到國米、皇馬，再重返切爾西，穆里尼奧的執教生涯與高控球率、地面傳遞、技術足球沾不上邊，穆里尼奧的球隊都有鮮明的特點︰強硬、快速、高效、樸實、反擊、直接。穆里尼奧為追求勝利，極具冒險精神，落後時常采用賭博性質的四前鋒甚至五前鋒戰術。
穆里尼奧信奉意志與精神足球，注重細節、執行力強、偏執張狂，善于激發球員最大潛能和即戰力，所執教球隊戰術嚴謹，在處理球員關系方面，穆里尼奧幾乎從不讓媒體抓到把柄，保護著自己的球員，穆里尼奧善于心理戰，經常挑釁激怒對手、裁判。
天賦才華、極度自信、堅定頑強、嚴謹細致、冷酷專制，穆里尼奧的成功，就在于他成功地演繹了一個葡萄牙航海時代的好船長，他感召球員們同舟共濟，用戰術素養、嚴明紀律、敬業精神、獎懲分明打造了自己的王者之師。
而穆里尼奧也極具個人魅力和感召力。斯內德多次表示︰「為了他，我願意去死「，馬特拉齊在穆里尼奧離開國米時眼含熱淚的表示︰「我感覺，從今以後世界上再也不會有老師了「，2010年埃托奧談到自己由中鋒改踢邊鋒時說︰「如果不是他，我不會踢邊鋒的位置，為他當門將我也願意「，德羅巴也表示︰「為了他，願意在場上踢斷腿」。生性高傲的伊布自傳說道︰「穆里尼奧是一位我願意為之而死的人」。
穆里尼奧個性鮮明，有「狂人」之稱，擅長防守反擊戰術，被認為是當今世界足壇最具爭議和最成功的教練之一。