四人商議在京口、廣陵兩地起兵反桓。
京口有劉裕親自坐鎮，他在北府軍聲望極高，麾下有劉鐘、孟懷玉、孫處、到彥之，還有沈家兄弟，這些人都視劉裕為主公，願意為其效死。
至于廣陵，除了孟昶之外只有劉裕異母弟、征虜府中兵參軍劉道規，實力遠不如京口。京口與廣陵隔著長江，劉裕亦無法調兵前往廣陵。
何無忌笑道︰「征虜中兵參軍屬(1)劉毅與僕素善，曾與僕言及討桓之事，稱德輿為天下英雄，願隨德輿反桓。」
劉裕大喜，道︰「希樂(劉毅字)向有大志，勇力過人，有他相助，大事可成。無忌，你可隨孟兄一同前往廣陵，與道則(劉道規字)、希樂暗中準備，隨時準備舉事。」
何無忌雖然不及劉裕聲威，但他是劉牢之的外甥，在北府軍中號召力極強。
許多事劉裕不便直接出面，何無忌是白身，劉裕便讓他出面游說、拉攏反桓之士。
「此次僕進京，與弘農太守王睿、前河內太守辛扈興、振威將軍童厚之等人相見，這些人對桓玄篡逆都大為不滿，一旦京口、廣陵舉事成功，可在建康作為內應。」何無忌道。
孟昶因劉邁而失進，對劉邁恨之入骨，此次反桓生死莫測，決定拉劉邁下水，道︰「刑獄參軍劉邁是劉毅的大哥，可派人送信給他，讓劉邁作為京中內應。」
劉裕道︰「豫州參事諸葛長民是愚的好友，此次進京愚與其見過面，觀其言行可知對桓玄亦懷不滿，可說其在歷陽起事，殺死刁逵。屆時京口、廣陵、歷陽三路齊進，京中又有內應，桓玄插翅難逃。」
安排已定，各自行動。孟昶與何無忌同到廣陵，對劉道規表明反桓之事，劉道規贊同。何無忌又說動劉毅，同時孟昶得妻子周氏相助，盡出家財收買軍中將士，購買輜重。
歷陽城，諸葛長民答復劉裕，屆時願在歷陽舉兵殺死刁逵，呼應京口、廣陵起軍。
何無忌從廣陵返回家中，深夜藏于屏風之上書寫檄文。何無忌之母乃劉牢之之姐，看兒子每日忙碌，早已猜出幾分。
劉牢之身死，劉氏對桓玄懷恨在心，見兒子準備反桓，泣道︰「汝能為舅報仇，娘再無遺恨。」
得知劉裕同謀，劉氏喜道︰「劉、德輿當世人杰，大事可成，桓玄必敗。」
萬事俱備，劉裕等人把起軍時間定在二月二十八日，京口、廣陵、建康、歷陽同時舉事。
二月二十七日，劉裕出城游獵，隨行二十七人，還有不知真像軍兵百余人跟隨。
二月二十八日，卯初時分城門開放，何無忌身穿傳詔服，冒充建康敕使朝刺史府前去，檀憑之、檀道濟、臧穆生、魏欣之等人護衛在他身邊，大聲呼喝避讓。
沿途遇到的官吏皆信以為真，駐足觀看。桓修听到稟報天子傳詔，忙命人擺香案前來迎接。
臧熹族子臧穆生看到桓修，搶步上前抽刀便刺。桓修毫無防備，當即倒地身死。臧熹，劉裕妻臧愛親之弟。
主簿魏詠之挺身而出，高呼道︰「江州郭刺史奉乘輿反正于尋陽，我等奉密詔誅除逆黨，諸君稍安勿躁，等候劉內史安排。」
劉裕已經收到斬殺桓修的消息，讓隨從的孟懷玉、臧熹、檀韶、向靖、管義之、沈林子兄弟等人渡江前往廣陵支援。
安排妥當，劉裕馳入京口，看到伏尸地上的桓修，放聲痛哭，甚為悲痛，府中官吏皆以為劉裕並不知情。
撫軍司馬刁弘駐扎在城南，得知京口動亂的消息，忙帶了文武佐官率軍趕赴京口，發現城門已然關閉。
劉裕站在城頭，望著下面的兵馬道︰「天子復位，下詔誅殺反逆，桓玄已死，京城已經重歸晉室，諸君皆是大
晉之臣，莫非還想附逆不成？」
城下一陣騷亂，桓玄篡位原本不得人心，不少人信以為真，悄然離開。刁弘見勢不妙，率眾退走。
二十八日，廣陵。主簿孟昶昨日說動刺史桓弘出城游獵，卯時城門開放，刺史府官員先行出發前往獵場，桓弘辰時才起身，正在宅中吃早飯。
孟懷玉等人渡江來到廣陵，與劉道規、孟昶等人會面，得知京口已經得手，劉道規領著眾人直闖刺史府，斬殺了桓弘，廣陵易主。
已正時分，劉道規、劉毅率眾渡江前往京口與劉裕等人會合，按照計劃合軍攻打建康。
劉裕看到廣陵的兵馬超過千人，當即命劉毅率軍討伐刁氏。刁家三兄弟，家主刁逵，豫州刺史；老二刁暢，右衛將軍；老三刁弘，撫軍司馬，兄弟三人都得桓玄信任。
不久前刁弘率軍想要奪回京口城，被自己謊言騙走。而且刁家在京口廣置產業，家中奴婢數以千計，影響甚大，一理刁弘識破謊言，很可能卷土重來，不如先下手為強。
先滅刁氏，能穩定京口形勢，而且刁家家產豐厚，可以充裝軍用，激勵將士。當然，也可順便報復一下當年之辱。
刁弘從京口城回歸家中，二哥刁暢正好也在。刁暢從刁弘嘴中得知劉裕奪取京口，江州刺史郭昶之奉天子復位，建康城重歸晉室的消息，疑道︰「愚三日前從京中而來，未曾听聞江州之事，莫非劉裕虛言欺騙。」
派出家人外出打探消息，待得知劉道規、孟昶在廣陵殺死桓弘，方知劉裕是想在京口、廣陵起軍。
急忙組織部曲，發放軍械，想要起兵對抗劉裕，此時劉毅已率軍殺至。劉毅所部是北府精況，刁家部曲很快戰敗，刁暢、刁弘被殺，身在家中的刁雲、刁鋒等人亦被斬殺。
不到子時，刁家便覆滅，京口已定。劉裕盡起刁家糧帛犒軍，刁家積財如山，多不可數。劉裕下令將刁家財物堆積莊中，讓百姓自去取用，居然數日取之未盡。
京口百姓歡天喜地，對劉裕義軍大為擁戴，紛紛投身入伍，一個時辰不到便募得青壯一千多人(2)。
對于劉裕來說，時間便是生命，募軍的同時劉裕招攬才力之士助己。何無忌推舉劉穆之為主薄，處理文案事宜。
劉穆之住在城外，听到京口城內嘈雜聲起，奔到路口觀望形勢。正好劉裕招攬他的信使來到，劉穆之思之再三，率家族追隨劉裕討桓。
劉簡之素有才干，劉裕起事之前就想邀其加入，可是兩度前往都遇劉簡之招待賓客，無奈只得回返。劉簡之見劉裕兩度前來，發覺不對，命其弟劉虔之前往京口拜訪劉裕。劉虔之趕到京口時，劉裕已經佔據京口，劉簡之聞報，宰殺家中耕牛募聚青壯，飽餐之後率領他們加入義軍。
東海徐羨之，與劉裕是好友，得知劉裕起義軍，前來投奔；劉懷肅，劉裕從母弟，任費縣令，棄官來投；劉懷肅之弟劉懷慎亦來投奔；劉粹，劉毅族弟，素有才名，劉裕派人相邀，劉粹欣然來投。
劉裕知道撫軍參軍朱齡石以武勇著稱，與桓修情如兄弟。桓修已死，劉裕命人厚葬，派人前去請朱齡石相助。
使者來到朱齡石住處，發現早已人去屋空，回報劉裕，劉裕以為朱齡石不滿其殺桓修才棄官而逃，感嘆幾聲亦不追尋。
長江之上，朱齡石站在船頭望著京口方向愁眉不展，黃富上前道︰「石郎君，船要開動了，請回艙中歇息吧。」
朱齡石嘆道︰「此一別，不知還能否再回京口。」
黃富充滿信心地笑道︰「我家主公英明神武，胸懷遠略，心存仁德，定能平定四方，安定天下。」
此次奉命前來京口，黃富對楊安玄算無余策深為佩服，京口劉裕果如主公所料
興軍討桓。
得到消息之後，暗潛在京口丁全直奔朱齡石家中，他曾隨孟龍符與朱齡石在一起喝過酒。丁全將劉裕是殺死桓修主使告訴朱齡石，邀朱齡石前往襄陽。
朱齡石原本以為是何無忌殺人與劉裕無關，待得知實情披甲上馬要去斬殺劉裕報仇。廣陵劉毅等人率軍趕至，朱齡石知道已無能為力，只得同丁全前往碼頭。
丁全將朱齡石送上黃富的船，繼續留在京口不提。
京口、廣陵起事一帆風順，然而建康內應卻出了問題。
劉裕听孟昶所言派人暗中聯絡劉邁在京中起事，劉邁應允，因他在京中地位高于王叡等人，王叡、王懿、辛扈興、童厚之等人便推舉劉邁為首領。
眾人暗中商議，因為桓玄喜歡游獵，經常冒夜出入，可以找準機會暗殺。
二月二十六日，劉裕派陳留周安穆前往京城通知劉邁等人起義的時間，劉邁震懼不已，驚惶現于顏面。
周安穆見狀，認為劉邁難以成事，迅速返還京口報告劉裕。
二月二十七日，朝庭下詔以劉邁為竟陵太守。劉邁思之再三，認為正好借機月兌身，準備連夜乘船前往竟陵。
恰逢桓玄想了解北府軍的情況，夜間讓人送了封信給劉邁，問及北府軍的情況，以及他最近見劉裕說了什麼？
劉邁嚇破了膽，以為陰謀已經泄露，第二天一早便入宮覲見，將劉裕等人要在京口、廣陵、歷陽等地起事反桓的情報全盤交待。
桓玄驚得魂飛魄散，從東宮返還西堂，命文武百官入居台省，急、詔桓謙、卞範之等親信前來商討平叛之事。
驚魂稍定，桓玄下旨加封劉邁為重安侯，命人前去抓拿同謀的王叡、辛扈興、童厚之等人，王叡的弟弟王懿听到動靜不對，喬裝從後門逃月兌。
等到王叡等人抓住，桓玄下令將劉邁與他們一起斬首，罪名是劉邁沒有立刻抓住周安穆，心存觀望，不知劉邁黃泉之下做如何想？
桓玄派出信使前往歷陽，告知刁逵豫州參事諸葛長民將反，刁逵得信後拿住諸葛長民，關進監牢。
桓謙、卞範之趕到東堂，桓玄將劉裕等人起兵之事告知。桓謙建議火帶發兵平定叛亂。
可是桓玄卻想以逸待勞，屯軍于覆舟山，等劉裕大軍到來，屆時再以水師偷襲京口，發動三吳士族襲擾京口後方，這樣三面合圍，劉裕不攻自破。
卞範之力諫不可，贊同桓謙出兵平亂的建議。桓玄下以揚州刺史、新安郡王桓謙為征討都督，東興縣公殷仲文接替已死桓修為徐兗刺史，讓頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷整頓兵馬，準備攻打京口。
京口，眾人齊聚刺史府大堂，推舉劉裕為盟主，掌徐州事；以孟昶為長史，鎮京口；檀憑之為司馬；劉穆之為主薄；彭城主薄劉鐘統率新投軍的青壯。
劉裕傳檄天下，歷數桓玄篡逆，聲稱江州刺史郭昶之在尋陽擁立天子復位，益州刺史毛璩奪取江陵，雍州刺史楊安玄攻佔梁州，鎮北參軍等人佔據石頭城，揚武將軍諸葛長民奪取歷陽。
二月二十九日，劉裕率軍西進，佔領竹里，山河風雲突變，大戰一觸即發。