雙嶼島上的戰斗從四更天起打響，一直持續到次日中午還沒有結束。
最初是從南嶼偷襲的水師官兵被海盜發現，緊接著警訊傳開，北嶼也發現了水師船只，但是守衛北嶼的海盜發現的晚些，當他們發現的時候，已經有一半的蜈蚣船駛過了最險要的地段，擂石起不了作用，而海盜們因為居住在潮濕的海島上，武器的配備中弓箭本來就少，蜈蚣艇上又豎起了牆一般的櫓盾，殺傷力十分有限。
過了險要地段的水師官兵迅速登岸，搶在赴援海盜之前對守在高處的海盜發起了進攻，海盜們首尾難以兼顧，後續的蜈蚣船在付出了一定的代價之後，終于全部搶灘登陸，這時候島上的海盜援兵也到了，立即與他們交戰起來。
南嶼水師官兵傷亡較大，因為被發現的早，海盜們守在高處，巨大的擂石隨時可以從天而降，在付出三艘蜈蚣艇和滿船官兵的代價之後，官兵只能打消強攻的念頭。但是這時夏潯和蘇穎等人在雙嶼島月復心處制造的騷亂發生了作用。
小楚赤條條地從山洞里出來，手里提兩把刀，正打算殺奔灘頭指揮戰斗，忽見儲放給養的所在發生大火，不由大驚失色，如果島上的糧草被燒了，官兵也不用打，只消把島一圍，這上萬的海盜都要餓死了，小楚立即帶著人直奔儲放給養的山洞，希望能搶出些糧食。
小米匆匆穿好衣裳出來，見給養山洞處起火，想法與乃夫相同，也立即趕往此處，少了這兩個大盜，楚米幫群寇群龍無首，缺乏統一有效的指揮，杭州衛的水師官兵所承受的阻力就小多了。
此時，第三支水師官兵從那片大船難以逾越的礁石灘中涉水登岸了，由于岸上警衛已經被蘇穎的人除掉，他們整頓好了隊伍，從容向縱深發起了進攻。
先是給養儲放之處發生大火，緊接著島上出現明軍，而兩個首領卻聯系不上，雖然凶悍卻缺乏紀律性的楚米幫群寇頓時大嘩，只道雙嶼已破，朝廷水師已佔領全島，立即放棄堅守，紛紛登船意圖突圍，這一來南嶼的水師官兵也趁勢登岸，終于變成了官兵和海盜的陸地戰……
李景隆的主力水師沒有參戰，因為他在等一個更可怕的敵人，凶名赫赫、威震南洋的海王陳祖義。
陳祖義來了，十艘海盜船對李景隆的十五艘戰艦。杭州衛共有船艦五十艘，已攻進島去的是蜈蚣快艇，北嶼外還列有大艦十艘，其余十五艘主力戰艦都在南嶼，向外排開，面對陳祖義的戰艦。
雙方壁壘森明，從船帆上就能一目了然的分清朝廷水師和海盜船。海盜船的船帆五顏六色，骯髒不堪，上邊破破爛爛縫縫補補很多的補丁，而衛所戰艦卻是清一色潔白如雲的整帆，雙方打個照面，就開始調動船艦，搶佔上風，準備作戰。
陳祖義自然是親自指揮，水師主艦上，李景隆、鐵鉉都是全副披掛，一身戎裝，但是具體指揮作戰的卻是水師都指揮使洛宇。李景隆對水戰畢竟不算內行，他是督戰而非主戰，站在大艦的露台上，眼看對面十艘海盜船不斷變幻調整著隊形、角度、速度，洛指揮使這個水戰行家感覺到了對方的厲害，不覺有些緊張起來，不過想到己方艦只多于對方，武器裝備優于對方，且是以逸待勞，他又稍覺心安。
受旗號指揮率先迎出去的三艘戰艦筆直地刺向陳祖義的戰艦隊列，古時戰艦調動不易，而軍令傳達也不便捷，直取核心並不用怕被敵人包圍，反而容易打亂對方的陣形。雙方還未接近，大炮轟鳴，水師船上的炮火便開始怒吼起來。
當時大明水師已經裝備了火器，每艘船上日常配備手銃十六支，碗口銃四門，火槍二十條，火攻箭在弦、火叉、神機箭各二十枝，火蒺藜炮十個。日常作戰規則是先發火器，次弓弩，近舟則跳幫做戰，冷熱兵器結合。
火炮的轟鳴打死打傷了一些海盜，緊接著火攻箭、火叉和神機箭對海盜造成了第二波殺傷，並把海盜船的船帆打得篩子一般，海盜船的速度立即降慢下來，水師戰艦立即切向它的側翼，發射箭矢壓制海盜，同時炮手開始準備發射火蒺藜炮。
這火蒺藜炮其實並不是炮，更恰當的稱呼是手榴彈，外有倒刺、尖釘和掛鉤，內裝有火藥包的球形炸彈，上邊有一條繩索，因為過于沉重，需要揪著繩索在空中飛舞輪轉，再月兌手擲出，以求擲得更遠，海盜船上自然是沒有這些先進的火器裝備的，而如此迅速的交接戰，他們的拋石機和有限的弩箭也發揮不了效果，他們的長處是跳幫近戰。
幸好此時的火器殺傷面大，但殺傷力小，傷人容易，取人性命卻難，他們冒著明軍的火炮火箭強行靠近，兩艘船的船體猛地踫撞了一下，然後猛烈地摩擦起來，兩艘大艦都發生了劇烈的傾斜，水師官兵站立不穩，都踉蹌著跌向一側，而遠比官兵經歷過更多風浪和顛簸的海盜們赤著雙腳，卻站得穩穩的，兩艘船還沒恢復平衡，他們就像一頭頭受傷的猛虎般撲過來，帶著一身的血跡和硝煙，同水師官兵戰在一起……
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許滸抄了南麓島，又成功地抄了小蛟島，把陳祖義留守在島上的人殺光，搶光了他的全部給養，統統運回了自己的陳錢島。
這時候，手下問起下一步的行動，照理說已經同陳祖義、楚米幫撕破了臉，他應該立即趕赴雙嶼，自陳祖義背後殺他個措手不及，會同官兵共同鏟除這個禍害，可是多年來同官兵玩官兵捉匪的游戲形成的慣性思維，令他很是擔心官府會兔死狗烹，一旦自己與陳祖義交戰，慘勝之後馬上就會被背信棄義的官兵順手吃掉，做為他們的又一樁功勞。
這種可能不但有，而且大大地有，所以許滸稍作猶豫之後，發出了緩緩而行，勿靠近，觀其情況，隨機應變的命令，于是他的戰艦只升一帆，緩緩地朝著雙嶼島駛去。萬萬沒有想到，離著雙嶼島還遠，就見十艘海盜船鼓足了風帆疾駛而來，許滸大吃一驚，急急升帆準備做戰。
雖說陳祖義現在未必知道他已經反了，可他已經無法虛與委蛇了，他的船從這個方向出現，本身就是無法解釋的漏洞，何況陳祖義只要一回小蛟島，立刻就能真相大白，還不如殺他個出其不意。
陳祖義果然老奸巨滑，看見此刻本該在雙嶼島北嶼與官兵鏖戰的許滸戰艦突然出現在這兒，馬上提起了小心，又見他看見自己戰艦駛來，居然升起所有船帆，加快速度迎上來，立即發覺不妙，馬上下令避其鋒芒，繞到側翼。
但是此刻是白天，風向大陸方向吹，許滸的戰船是順風船，速度比他快了許多，船隊急急駛了一個弧形，八艘戰艦駛出了許滸的攻擊圈，最後兩艘卻被劫住，一番苦戰，陳祖義揮師回援，救出兩艘船來，根本無心戀戰，急急月兌出戰圈向南駛去。
機會難得，陳祖義空有實力，此番北上卻沒有帶來太多的戰艦，而且他的給養都被自己搶走了，戰艦上的食物飲水絕不會很多，追下去是有可能永除後患的，許滸不想消耗自己的實力也不成了，只能全力追在後面，兩只船隊一前一行，便在浩翰無垠的汪洋大海上追逐起來。
憑心而論，陳祖義雖然縱橫七海，可是要他和朝廷水師正面做戰，同等艦船和兵員的情況下，他其實佔不了太大的便宜，以前他與官兵偶有交鋒，都是利用他對海洋的熟悉和海洋的浩翰，可以輕易地擺月兌甚至捉弄水師戰艦而闖下的名聲。
如今杭州水師比他多了五艘戰艦，武器齊備，兵員充足，正面作戰，他僅有十條船，雖然倚仗對船只的熟練操控和近戰的凶悍，也只能勉強保持平手，這時候北嶼官兵听說南嶼開戰，立即分兵五艘戰艦，氣勢洶洶地撲來，陳祖義見敵艦將一倍于己，便果斷地月兌離戰團，逃離了戰場，結果又與許滸發生了遭遇戰。
李景隆的艦隊呢？
追丟了！
水師雖也經常訓練，水戰上面不算含糊，問題是他們的船只很少出外海，對雙嶼島附近並不熟悉，這里屬于六橫群島，除了雙嶼主島，附近還有不能住人的小島、暗礁，星羅棋布，至少也有數百處，陳祖義的海盜船曾經來過東海，比他們熟悉地形，帶著他們七拐八拐，重施故技，再次把他們甩開了。
洛宇向李景隆請示進退，這時候雙嶼島傳來消息，已基本控制全島，匪首小米被殺，小楚負傷，率領一群海盜被堵在一處山洞里，失敗已不可避免。一听雙嶼島上勝負已定，李景隆立即做出決定︰島上繼續作戰，對小楚、小米、凌破天幾個勢在必得的大盜一俟擒獲立即押往陸地，生要見人、死要見尸，而主力水師則繼續追趕陳祖義。
他也知道陳祖義船上不會有太多的給養，而且陳祖義如果是逃回南洋，漳、泉、福州等水師官兵業已奉命出海，沿途攔截，自己如果不舍不棄地追下去，很可能把他生擒活捉，這可比僅僅抓獲一個凌破天、剿滅一個楚米幫榮耀百倍。
可惜，雙嶼島怎麼辦？
鐵鉉向李景隆道︰「國公，除惡務盡，這雙嶼島是海盜的聚居這地，此島既在，雙嶼幫既在，等官兵一去，這里勢必重新變成海盜的家園。」
李景隆因為上次的爭吵對他還有嫌隙，沒好氣地道︰「你當本國公不知道麼？可如今追捕大盜陳祖義為第一要務，本國公哪有余力留守雙嶼，就憑島上那些人，那些小船，對付得了對這里一草一木都熟悉無比的雙嶼幫麼？如果不令他們戰斗結束即行離開，等雙嶼幫一回來，恐怕連他們都要折在這里了。」
鐵鉉一是一，二是二，倒不是個因私廢公的人，仍然耐心地解釋自己的主張︰「國公，下官的意思，並不是要現在留在島上的士卒，憑幾十艘蜈蚣快艇便與雙嶼幫以逸待勞的精銳一戰，下官看這雙嶼，確實險要，水下暗礁叢叢，兩岸崖峭如壁，如非熟知此地水情的人，能準確選擇礁叢間的深水區，勢難令大船通過。
可有一樣，我們的戰艦固然巨大，南來北往的海盜商船吃水比我們的戰艦還深，如果沒有這些礁叢間的深水區，他們也是一樣無法出入的。」
李景隆急于追趕陳祖義，不耐煩地道︰「你到底想說甚麼？」
鐵鉉道︰「國公，如果我們堵塞水道，這一天然良港必然報廢，海盜不能倚之集散貨物，還會竊據這一處距陸地最近的島嶼，時時受我水師威脅麼？海盜若遠離大陸，我沿海官民，也可少受騷擾。」
李景隆先是雙眼一亮，隨即想起想要填海，還不知需要多麼龐大的工程，他現在哪有足夠的人力物力，便假意遲疑道︰「這個……，本國公借助了雙嶼幫的協助，答應他們只要不為大惡，便放他們一條生路，這樣做……不是食言而肥麼？」
鐵鉉正色道︰「國公此言差矣！我們是官兵，與無惡不作的海盜講什麼信義？正所謂繁禮君子，不厭忠信；戰陣之間，不厭詐偽。我們為了剿滅海盜，只是與雙嶼幫虛與委蛇罷了，如今毀棄此島，乃是為國為民，大義所在，何謂食言而肥？」
李景隆展顏道︰「可是，填海豈是易事？」
鐵鉉胸有成竹地道︰「卻也不難，下官雖不習海戰，卻忽然想到一個辦法。楚米幫的海盜于雙嶼港中遺落許多大船，只要我們把這些大船裝上大石，待我官兵撤離雙嶼島的時候，將這些裝滿巨石的大船沉于水下，便可阻塞水路，塞了大石的沉船久而自成礁石，雙嶼從此廢棄，永無復有的可能了！」
李景隆聞言大喜︰「妙計，果然妙計！」
他立即吩咐，令島上官兵一俟結束戰斗，立即攜俘虜退回杭州灣候命，同時將海盜船集中起來，裝滿巨石沉于雙嶼島南北水域要害處，吩咐完畢，便催促水師指揮使洛宇集中全部戰艦，循著陳祖義逃逸的方向追了下去……