藥師兜感覺腦袋昏昏沉沉的。
昨天有一群自稱是根部精英的忍者來到了孤兒院，他們讓孤兒院做出一個選擇，要麼讓溫柔如母親般的院長跟他們走，要麼就挑選一個合適的孩子跟他們走。
經過一番激烈的思想斗爭，藥師兜打算犧牲自己，讓藥師野乃宇可以繼續留在孤兒院。
做完決定後，心神放松的他便睡了一覺。
夢里，他見到了一個叫工藤新一的男孩，這個男孩原本已經十六七歲了，可因為大意被一個壞人投毒，雖然僥幸沒死，但男孩的身體卻退化到了六七歲的模樣。
為了避免親近之人受到牽連，男孩化名江戶川柯南跟隨青梅竹馬的女友和其父親一起偵破了各種大案。
離譜的是，男孩經歷了上千起大案，見過了無數的遇難的死者，但時間居然才過了一年！
這一年的信息量太大，年紀還尚小的藥師兜只覺得腦袋都快炸了，從醒來以後到被根部忍者帶走，他都一直處在迷糊的狀態，有些分不清自己到底是誰了。
根部，團藏一臉神清氣爽的站在大廳之中。
他剛剛又買到了一款新游戲，一想到一會又有可以消遣的事情了，他的嘴角就止不住的往上揚。
不過很快，團藏調整了一下神情，再度恢復到了平日里那副冷漠的樣子。
「團藏大人，人帶到了。」這時，一名根部忍者帶著藥師兜來到了團藏的面前。
「嗯。」團藏輕輕點頭，將目光放在了面前的小男孩身上。
男孩抬起頭，一雙充滿了智慧和些許迷茫的眼楮隔著眼鏡對上了團藏的目光。
「知道這是什麼地方麼？」
「不知道，但我大概猜得到我接下來會經歷什麼。」藥師兜回答。
「哦？那你說說你會經歷什麼？」團藏對眼前這個男孩越發的滿意了，年紀雖小，但頭腦清晰，不卑不亢，是個可塑之才。
「我還是一張白紙，任何任務都完不成，所以你肯定要先訓練我，直到我具備了完成任務的能力才會安排我離開。」
「沒錯，希望你的忍者才能和你的頭腦一樣優秀。」團藏拍了兩下手，隨即便叫人將藥師兜帶下去訓練了。
等到工作都處理的差不多了，團藏頓時宛如一個興奮的孩子一般一蹦一跳的進了他的私人游戲室。
然而就在他剛坐下沒多久，游戲才剛開始，門外便傳來了一個急切的聲音。
「團藏大人不好了，訓練室死人了！」
團藏聞言一怔，無奈的嘆了一口氣，放下游戲手柄，走出了房間。
「怎麼回事？好端端的怎麼死人了？」
團藏算了一下當前這個時間，訓練室那邊應該只有新加入的那個藥師兜還在。
該不會這孩子加入根部的第一天就出事了吧？
然而經過手下人的匯報，團藏卻發現並不是這回事。
訓練室確實死了人，但死的不是藥師兜，也不是陪他訓練的人，而是觀察室里的一名觀察員。
對方原本和平日里一樣在暗中觀察記錄訓練人員的各項數據，結果就在剛剛，這個人突然丟掉了記錄板，雙手掐著脖子，一臉痛苦的倒在了地上。
不到一分鐘的功夫，人就斷了氣，經檢查，是死于中毒。
「在我根部下毒，而且還是眾目睽睽之下把人毒死，好大的膽子！」團藏大怒，他可不相信這會是什麼意外，當下立即帶人趕到了訓練室。
此時的藥師兜已經被迫停止了訓練，當團藏帶人趕到的時候，就看到這個小孩子正一臉認真的圍著那名死去的忍者轉圈，像是在觀察著什麼。
「這是怎麼回事？」團藏見狀微微皺眉，按照根部的規章制度，訓練中止的話，受訓者此時應該已經被送回到休息室了，然而當前現場的狀況，卻像是這個小鬼頭在調查死者的線索，其他人則在干看著。
「團藏大人，這個小鬼有點東西，他剛剛只是看了一眼就迅速辨別出了狗一的死因，而且他還分析出了一大堆狗一生前經歷過的事情，現在他正在分析狗一到底是在什麼時候中的毒，什麼人最有可能給他下毒。」
代號狗二的根部忍者回答道。
「他還有這本事？」團藏微眯起眼楮，饒有興致的看向了場中那個戴著眼鏡的小男孩。
幾分鐘後，眼見藥師兜一臉自信的停下了腳步，團藏沉聲問道，「兜，你有發現什麼線索麼？」
「團藏大人，我已經知道凶手是誰了。」
這麼快！
所有人都聞言一驚。
本以為這孩子頂多能發現一些線索，沒想到人家連凶手都已經找出來了。
「是誰？」團藏問道。
「就是……他！」藥師兜的目光掃過全場，隨後突然抬手指向了角落里一個不起眼的狗臉面具忍者。
「狗五？」狗二驚呼出聲，顯然對這個結果很是意外。
團藏倒是很果斷，一個眼神掃過去，立即就有數名根部忍者出手，幾息之間就將那名叫狗五的忍者押送到了團藏面前。
「團藏大人，冤枉啊，所有人都知道，我和狗一關系最好，我怎麼可能殺他？您不能相信這個孩子的胡言亂語啊。」
狗五一邊掙扎著一邊大聲的辯解。
然而藥師兜卻突然用一聲冷笑打斷了他。
「你說你關系跟他好？確實，你們穿著同一款褲子，忍具袋綁在相同的位置，甚至就連慣用手也都是左手，確實很親密，但也恰恰是因為親密，他才會對你毫不設防，恐怕這位狗一先生直到死都不知道，是你下毒殺了他。」
「你有證據麼？憑什麼這麼說？」狗五依舊不肯承認。
「你要證據，好啊，那我就告訴你，根據調查，這位狗一先生所中之毒為一種烈性毒藥，一旦攝入很快就會毒發的那種，而他在毒發前只吃過一枚兵糧丸。」
「這種兵糧丸是放在公共區域的，想要精準的給某個固定目標下毒很難，所以下毒的途徑必然不是在兵糧丸上，我檢測過他接觸過的那些工具，卻發現上面雖然有毒物的殘留，但大多只是微量，不過聯系這些微量毒物殘留的位置都是他手指抓過的地方，我得出了一個結論，真相只有一個，毒被人下在了他的手上！」
藥師兜說著突然抓起了狗一那已經沒有溫度的左手。
眾人凝神看去，果然在狗一的左手食指上發現了一點與眾不同的顏色。
「在場這些人里，只有你的褲腳和死者的褲腳一樣都沾了些許的水漬，且干濕度基本相同，這證明你們兩人曾一起結伴去過廁所，你就是在那個時候用某種方法將毒藥下在了死者的手上，再加上你們自從回來以後便沒有再離開過這個房間，所以我想那種毒藥此時一定也還在這個房間里吧？」