正常的完整的一顆核桃，如果掉入水中，漂浮在水面上，那麼，當核桃穩定下來後，核桃的芽眼的位置，一定是在核桃的一側。芽眼與核桃尖兒組成的一條直線，是與水面接近平行的，如果核桃在水中搖晃，那麼一般都是圍繞這條軸線旋轉。
當螞蟻們鑽開芽眼，將之作為核桃船唯一的出入口之後，這樣一個漂浮狀態，就會導致出入口距離水面太近，稍微有點風浪，就會讓船只進水，這對船只和里面的船員來說是致命的。
螞蟻們沒有什麼有效的排水手段，一旦積水過多，船只自重大于浮力，核桃船就會沉沒。而積水本身也會對不喜歡水的螞蟻造成威脅，一滴水珠都可能要了螞蟻的命——螞蟻們一旦唄水珠困住，就很難擺月兌水膜的表面張力。
在平靜水灣里的試航行中，就暴露了這個容易進水的隱患，好在水灣比較平靜，附近又有大量螞蟻照應，試驗船上才沒出現什麼損失。
想要避免進水，就要讓出入口遠離水面。人類世界的船只，無論是帆船還是後來的蒸汽動力船，通往船艙的通道都是開在甲板上沖向天空的。
主角也想借鑒這個設計，不過這就需要改變核桃在水中的重心，才能讓核桃在水中「倒立」起來。
辦法倒也簡單，在核桃內部核桃尖兒的位置，放置並固定一些壓艙石，就能讓核桃在水中保持「倒立」的芽眼沖天的姿態。而且壓艙石也能在一定程度上保證核桃船的姿態穩定。
在試裝了一些壓艙石並用蟻膠固定在船內後，螞蟻們還按照主角要求，在核桃船朝上的出入口上方，用木材等搭建了一個斗笠狀的小防雨棚，遮蔽住出入口，這樣即便有小雨船艙內也不會進水。
萬一出現一些進水，那就只能靠螞蟻們用大顎將水分割成小水珠，再搬運到船外丟棄，這是非常簡陋低效的排水方式。
這艘改造後的核桃船的再次試航中又暴露了新的問題。核桃船在水中由「臥姿」改為了「立姿」，雖然避免了進水問題，但船只重心的姿態的改變，導致現在的船只非常不穩定，有些較大的風就會劇烈搖擺。
畢竟，這些核桃都天然長成了長橢圓形，「臥姿」狀態下相對穩定，就算搖擺也是順著核桃尖兒和芽眼的軸線翻滾，不容易傾覆。但在「立姿」狀態下，軸線與水平面垂直，在外力作用下，核桃船就容易劇烈搖擺起來，這對于航行安全也是個隱患。
主角帶著科研組研究的應對辦法就是給核桃船加上平衡木。
這種設計類似人類古代獨木舟的單邊架設計。最原始的獨木舟是單體式獨木舟，即一艘獨木舟不添加其他結構部件，但是，使用單體式獨木舟航海，抗風浪能力差，較易側翻傾覆。
而單邊架式獨木舟，就是在獨木舟的一側，增加了一根同向浮材，並通過橫桿與獨木舟連接，單邊架獨木舟穩定性非常好，行駛平穩，在風浪中橫搖幅度很小，具有很好的抗風浪、抗橫搖側翻的能力，可用于長距離航海。
古代波利尼西亞人甚至用這種獨木舟幾乎征服了太平洋，殖民到各個距離甚遠的島嶼上。
核桃船的邊架就是一根大約有人類世界鉛筆粗的木棍，被通過更細的約莫牙簽直徑的木棍，用縴維捆綁和蟻膠固定在了核桃船一側。
經過改造後，現在的核桃船也基本克服了側翻和搖擺問題。
接下來，就要讓核桃船具備真正的航行能力了。
之前在水灣中的試航，都不是嚴格意義上的試航，因為這艘粗糙、簡陋、原始的核桃船根本不具備自主航行能力。
所謂試航，是岸邊的螞蟻拖著長長的連接到核桃船上的植物縴維和蟻絲編織的繩索，以拉縴的方式拖動核桃船在水面上慢悠悠的移動。
將來核桃船可不能以這種方式移動，不然神使王軍團還不如沿著湖岸一路殺到沼澤地去呢，還要啥船只。
主角就是為了避開與土著獵鐮猛蟻部落的潛在沖突，才想到走水路的。
想要讓船只移動，就必須讓船只具備動力和轉向力，之前主角已經考慮過很多人類船只的動力方式，比如風帆，比如船槳，比如舵，比如櫓。
但是以螞蟻的體型和力量，像劃槳、螺旋槳、船舵等工具，都難以驅動，或者難以獲得足夠的動力與轉向力，不足以對抗風力水流的阻力。
唯一能夠借鑒的就是風帆啦，雖然主角只知道最原始的那種只能利用順風航行的風帆，但也暫時夠用了。
因為，一個好消息是，據飛騎士們的偵查，從大湖通往沼澤地，總體上是順水逆風，而從沼澤地返回大湖，總體上是逆水順風，而且水流不快。
最理想的情況就是，核桃船可以不張開風帆，借助水流一路漂到沼澤地去。而在返程時，則張開風帆，克服逆流的阻力，一路回返。
但這樣的航行還不夠保險，沒有自主的動力始終是個隱患，而沒有轉向力更是不可行，無論是順流還是逆流，無論是順風還是逆風，都需要船只自身的轉向力對航向進行修正，不然真成了「隨波逐流」了。
主角也實驗的做了一張大槳當做船舵，用繩索固定在核桃船外殼上，由出入口附近的六只螞蟻負責操作。
但在試航中，這六只螞蟻根本難以駕馭船舵，也難以快速改變船只前進方向。如果換更大的船舵，就需要更多螞蟻操作，但相對安全的出入口位置無法站下更多螞蟻，如果螞蟻在核桃船外殼上操作船舵，又非常容易失足落水，那基本就是死路一條。
主角不得不放棄了傳統的船舵等人類樣式的轉向工具和動力工具，開始以螞蟻的方式來解決問題。
他最後受到飛騎士們的啟發，想到了一個解決方案。
那就是給核桃船配備蜜蜂或蒼蠅，由蜜蜂或蒼蠅通過繩索牽引核桃船。