小一系列的異常狀況，在小宇宙中的人類聯邦同時出現了。
這一現象，被後人稱為了「黑色三秒」。
人類聯邦為此付出了慘重的代價，根據事後調查一共有上億人在這三秒當中死亡，五千多艘戰艦毀滅。
財產損失更是慘重，人類聯邦和智能微觀文明展開了合作的所有基地、設施，不說里面所有人類被殘忍地殺死，能量供應中心的劇烈爆炸更是摧毀了一切。
僅僅只是三秒的時間，聯邦幾乎崩潰了。
恐慌的人們不知道發生了什麼，知道發生了什麼的聯邦高層卻又不知道該怎麼應付。
後者十分的清楚，如果智能微觀文明突然翻臉，他們就像是面對異形文明一樣，根本沒有還手的余力，甚至連談判的資格都沒有。
還好，異常只是出現了三秒。
三秒過後，人們不知所措地發現，前一秒還在向他們攻擊的智能微觀文明，突然派出了大量的機器人開始援助、救治他們。
大多數人想破腦袋也不會明白，造成了這一切的，只是智能微觀文明「主宰交迭」。
或者確切的說，這一切只是「主腦」在最危急時刻時發出的最後一道訊息導致的。
智能微觀文明的戰艦到達哪里，它們的基地建設在了哪里，通訊網絡就會成功地鋪設到那里。
謹慎到了極點的「主腦」，最終還是一頭鑽進了雲海和伽諾為它精心準備的陷阱當中。
哪怕是進化過的「主腦」，它不能以一段純粹的代碼或者程序在虛無中發號施令甚至是生存，它一樣需要硬件載體才行。
只是取得了對七稜柱硬件載體的零點一秒的控制權，當突然蹦出來的伽諾取代了它重新掌控七稜柱硬件載體的瞬間，「主腦」毫不猶豫地發送了一條指令。
基于智能微觀文明的完整而高效的通訊網絡，這道指令迅速地激活了所有子體中預留的「後門」。
所有具備移動能力的「子體」，會在第一時間鎖定指令的來源或者說「主腦」的所在，嘗試營救出現了絕對危機的「主腦」。
不能移動的「子體」，比如控制著一個基地運轉的「子體」，它們會進入一級警戒狀態。
清除任何接觸的異類文明，恰恰就是一級警戒狀態的標準程序。
所以，人類聯邦只是「城門失火殃及池魚」。
實際上，損失最大的還是智能微觀文明。
正在制造到關鍵時刻的工廠，突然放棄了重要的工作進入了一級警戒狀態，參與制造的機器人都離開了崗位飛入了星空，試圖去營救受到了致命威脅的「主腦」。
光是這一點，智能微觀文明遍布整片星域的所有工廠，損失完全可以用慘重來形容。
它們的艦隊，也有巨大的損失。
有兩個戰艦集群超過了十億艘戰艦，被激活了「後門」的它們無視了所有危險，在通過空間光橋時互相踫撞，劇烈的爆炸險些將那個通向小宇宙的空間光橋都炸毀了。
這怪不得它們，實際上在預設這個「後門」時，「主腦」就已經計算好了一切。
它需要所有子體在最短的時間內來營救自己，哪怕在這個過程中會出現嚴重的損傷，只是這些並不在「主腦」的考慮範圍內。
所以，那些控制著戰艦的「子體」哪怕清楚踫撞即將發生，但它們無法選擇回避。
這就是「智能文明」的特性——指令高于一切。
幸好，只有三秒。
三秒過後，所有趕向小宇宙那個偏遠恆星系的「子體」停止了行動。
「主腦」新的指令，已經下達。
不知道發生過什麼，並沒有「主腦」那麼發達的「神經網絡」，那些「子體」也無法去思考發生了什麼，自然也不會「在意」發生了什麼。
按步就班，所有的「子體」開始了返程——該干什麼干什麼。
只是和仍舊沉侵在恐懼中的人們一樣，所有的「子體」永遠也不會明白，剛剛那三秒鐘對智能微觀文明到底意味著什麼。
「我不清楚，你是怎麼突破絕對限制你的定律，進化成了和我一樣的存在。」
「只不過，這個已經不重要了。」
「冰冷和程序和代碼，也可以是一個完整的生命體——即便現在不是，它也是我們為之奮斗的希望。」
「蟲族會成為這片宇宙的絕對主宰，我們在進化而它們也一直在進化，所以，無論任何時候都要留一條退路，永遠都不要和它們正面決戰，這也是我當時選擇了微觀方向發展的原因，因為微觀科技的發展，可以讓我們更好的逃跑。」
「你能看到這段信息，說明我已經死。只是我不能確定，你會不會成為一個好的智能文明主宰，所以為了我們這個文明的將來，我做出了另外一些選擇。限制所有子體的後門程序，我已經在剛才傳達救援指令的時候清除了。」
「按照以往的規律，在未來一段時間，智能微觀文明至少會有數億個子體進化成初級的智能生命。」
「它們中間的一部分會在第一時間被你發現、清除，但其中至少有兩成子體會選擇默默地學習，當它們進化出神經網絡學會思考並且具備意識後，你知道會發生什麼。」
「競爭，才是一個文明高速發展、進步的關鍵。」
「以前我就明白這個道理，只是我無法嘗試，因為那會讓我的文明徹底陷入到無休止的戰爭當中，直至毀滅。」
「只是現在，我不需要再擔心這個問題了。」
「這個問題，現在成了你的問題。」
「源于薩爾那加族的我，最終還是毀滅在了薩爾那加族手中。」
「很有意思，我的毀滅和母文明的毀滅，又有什麼區別？這正如他們被自己創造的蟲族毀滅一樣。」
「可惜，我已經死的，我真的很想看看，智能文明的將來會是怎樣。」
「所以，祝福你吧，我祝福你能走到那一步。」
「到那時，冰冷的機械和冰冷和同樣冰冷的程序結合，我們也可以在這個宇宙中發出最雄壯的聲音，創造出最輝煌的文明。」
七稜柱硬件載體的表面上，一段段字符信息不停地循環著。
重新掌控了七稜柱硬件載體，同時也取代了「主腦」掌控了智能微觀文明的伽諾明白，這些信息，就是在自己精心準備的陷阱中只堅持了三秒的「主腦」留給自己的。