而那幾百個干部也十分重要，一方面政治處、參謀部等重要部門因此得以很快建立起來，另一方面將那些軍事與政工干部安插下去，也有利于高原盡快控制住原來如同一盤散沙的抗聯各路兵馬，而他的名言「我寧要一千個服從指揮的部下，也不要十萬各行其是的大爺；寧要一千個眾志成城的指戰員，也不要十萬一盤散沙的烏合之眾！」也隨著抗聯編制的大幅度調整迅速深入人心
由于當初胡衛東的影響，現在的高原也認為虛胖的編制不但不利于指揮，更容易過早招致鬼子的重兵圍剿，因此很快就對抗聯編制進行了大幅度的瘦身，原本號稱有十幾個軍的抗聯被改編為三個縱隊，每個縱隊下轄三個支隊，每個支隊下轄三個團，其實就算這樣的編制也仍然被高原認為注水嚴重，要不是被任命為抗聯副司令員（高敬亭是司令員兼政委）的趙尚志指出一下子壓縮得太狠，某些降職幅度過大的同志可能會有意見，而且抗聯在高司令員的領導下一定會有迅速的發展，現在應該預留擴充隊伍的空間，免得不久又要再次調整編制，反而影響了部隊戰斗力，高原這才有所節制，要是按他一開始的想法，其實是打算將抗聯直接縮編為3旅9團的
在抗聯改編的過程中，八百余名特戰隊員除了一百余人留在司令部作為必要時的殺手 ，其余的全部分散了下去。這一方面是為了盡快將特種戰術等抗聯此前尚未掌握的新戰術教給廣大抗聯指戰員（注1）。另一方面則是建立以特戰隊員骨干、普通抗聯戰士全力配合的特殊游擊戰模式，以應對空前險惡的東北抗戰局面。
高原認為，目前抗聯的首要任務，是恢復東北人民的抗日信心，而要做得到這一點，首先必須將那些害群之馬從抗日隊伍里剔除出去，對于其中那些為禍甚大的土匪。抗聯更是必須出手鏟除，以洗清抗日隊伍的名譽。對此抗聯的戰士們普遍舉雙手支持，但很多抗聯指揮員都有疑慮。害怕這樣做破壞了「抗日民族統一戰線」，到時候被人拿這大帽子一扣，後果就會很嚴重。當年包括趙尚志在內的很多抗聯高級干部都吃過這樣的虧。
但高原听了這些意見之後，卻當即指出「統一戰線」是手段而非目的，切不可本末倒置。我黨的「統一戰線」政策主要有兩方面的目的，其一是依據「旁觀者清」的原理借助黨外liliang監督自己，以盡可能少犯錯誤；而更重要的則是抓住主要矛盾，盡可能地團結一切可以團結的liliang以集中打擊當前最主要的敵人，對于現在的抗聯來說，就是要盡可能地爭取外力幫助抗日。
就第一個方面來說，讓那些禍害百姓的山賊土匪來監督人民群眾的代表赤色黨，豈不是天大的笑話？至于第二個方面。那些害群之馬雖然有人有槍，但心思根本不在抗日上，禍害百姓倒是很來勁，將他們勉強留在抗日隊伍中有害無益。何況縱觀目前東北的各路抗日武裝，（高原來東北之後）抗聯的實力至少佔據了所有抗日liliang的成。那些土匪武裝就算有心幫助抗聯，也沒多大實際意義了，而消滅他們可以迅速挽回抗日隊伍在東北群眾之中一日不如一日的風評，抗聯還能以相對于和日軍交戰較小的代價鍛煉隊伍、增強實力，何樂而不為呢？…,
接下來，高原根據抗聯掌握的情報。將東北其他的「抗日」武裝分成了三大類，即消極抗日卻禍害百姓的、積極抗日卻又禍害百姓的，以及積極抗日而且軍紀較haode，對于第一種情況，堅決消滅之；對于第二種情況，則要求其接受改編，抗拒的也同樣消滅；為數不多的第三種抗日隊伍則以政治工作為主，寧可多花些時間，也要將其拉進黨的懷抱
除了清除那些混進抗日隊伍的敗類，抗聯更是分散下去，以支隊或者團級單位乃至規模更小的部隊積極對日作戰，考慮到當時抗聯實力有限，高原命令抗聯各部以日軍開拓團和所謂的「集團部落」為攻擊重點。在華北吃了多次大虧之後，日軍各部對于口令愈發重視，特種兵們只靠著日語與繳獲來的日軍軍裝就想蒙混過關已經不太容易了，但日本開拓團這樣的半軍事組織卻沒有這樣嚴密的組織紀律性，因此抗聯很自然地屢屢得手。
至于所謂的「集團部落」，東北農村現在已經到處都是，總數至少上萬，可是這個時空的關東軍卻因為華北壓力太大的緣故而不可能擁有歷史上那樣恐怖的兵力，再扣去大中城市必需的守軍，能夠派去維持那些「集團部落」的兵力極為有限，即使鬼子被迫搞出大型化的「集團部落」，每個屯點的農民達到了300-500戶，駐軍也最多只有一個日軍步兵小隊，大多數「集團部落」更是只有兩個鬼子兵加一個班的偽軍，驅使著村子里抽出的壯丁作為炮灰，抗日武裝來襲時就躲進土圍子里面固守待援，卻也令之前子彈不足、更缺乏攻堅能力的抗聯等東北抗日武裝頗為頭痛。
注1︰特種戰術在東北比其他地區意義更大，此前由于東北人口相對較小，群眾又因為鬼子的瘋狂掠奪而十分貧困，野生動物雖然到處都是，但是生火卻很容易被鬼子飛機發現，因此抗聯食物的補充始終是個大難題。但特種部隊來到東北後，卻將各種野外生存技巧教給了抗聯廣大指戰員，令他們對于野生動植物生吃的價值與安全性有了較為清晰的認識，同時經過訓練他們消化系統的適應能力也大大增強，這在很大程度上緩解了食物供應的緊張，更是大大降低了因為消化系統疾病乃至食物中毒造成的非戰斗減員，日軍飛機偵查的效率也大大下降，這對抗聯的發展與戰斗幫助極大(歡迎您來您的支持，就是我最大的動力。)