不過，對于基層的日軍官兵來說，戰爭期間就算是搶到了錢財、大頭也會被上司拿走，因此崇仁只是適當地提高了陸戰隊基層官兵的薪俸待遇和武器裝備水平（裝備新式武器可以大大提高部隊在戰爭中的生存率、並增大其建立軍功的機會，某種意義上來說甚至比基本的薪俸更為官兵們所看重。），就迅速贏得了軍心。而對于日軍在戰爭期間的種種暴行，崇仁認為這固然因為以前的日軍對此不夠重視、甚至很多高級軍官還對此加以縱容，但更根本的原因還在于日軍那坑爹的後勤供應，使得基層的官兵不得不「就食于敵」、通過搶掠來獲得補給，結果因此激起了佔領區百姓的反抗，而日軍出于報復往往會施加更大的暴行，形成了惡性循環，而在一次次的施暴後，原本最多僅有一小部分是野獸的日軍開始普遍失去應有的人性，以致于很多日軍官兵甚至將那些暴行視為了他們取樂的主要途徑。因此潛意識里崇仁甚至有些感激解放軍將日軍當中那些徹底墮落的禽獸除去，否則他要想將積弊深重的日軍改造過來，難度只會比現在大上百倍千倍。
基于這一歷史的教訓，崇仁對于部隊的後勤工作給予了高度重視，雖然以日本的國力不可能做到美英等西方列強的程度，但比日本更窮的中國的解放軍在後勤方面的成就卻可以成為日軍學習的榜樣。而對于海軍的後勤補給，崇仁同樣給予了充分的重視。他利用美援仍未斷絕、而中日之間也實現了和平的機會，從美國引進了自由輪和大型油輪的建造jishu和一些必需的重型機械，並向包括中船重工（中福國際船舶重工集團的簡稱）在內的眾多美國造船企業訂購了大量商船應急。這些舉措使得日本海軍的遠洋作戰能力大大增強，如果不考慮海外基地的因素，日本海軍已經迅速地超越了英國皇家海軍，成為僅次于美國海軍的shijie第二強的遠洋海軍，當然這些都是後話了
大量陸軍老兵進入海軍陸戰隊後，由于海軍陸戰隊原有的大部分官兵實在是不成器，崇仁又將實戰演習作為軍官升降的主要依據，結果陸戰隊的主導權很快就被那些原來陸軍的精兵強將掌控了。而受此鼓勵。航空部隊的獨立性也大大加強，幾乎成了掛著海航之名的獨立空軍，以致于後來海軍軍令部為了避免失去對最精華的艦載機部隊的主導權，而主動將大部分的陸基航空部隊都分割了出去。崇仁天皇見時機已經成熟。便于不久之後正式宣布重建陸軍並建立獨立的空軍編制
日本海軍的大佬們自然對此很不高興。但是他們畢竟不像陸軍那樣瘋狂，見到崇仁威望日隆，終于還是以國家利益為重。選擇了服從。而此後日本的三軍之間固然不可避免地產生了各種各樣的矛盾，但由于三角關系本就比雙方對立更容易形成平衡，因此較之昔日陸海軍互相拖後腿乃至多次發生內訌的情況還是好了許多
此外特別值得一提的是，崇仁即位後借用中國的一句古話「王子犯法，與庶民同罪。」，對載仁親王、朝香宮鳩彥王等皇族戰犯的罪行進行了追究，這一方面是為了滿足中國人的要求以盡快達成和議，另一方面則是有著他個人的考慮，如果像載仁親王這樣在軍界有著巨大號召力的皇族長輩還在，年輕的崇仁即便能夠坐穩皇位，也很難有余力推行自己的一些主張。而力排眾議將中國人恨之入骨的朝香宮鳩彥王送給中國人公審處決，則換回了原本被作為其替罪羊擔負南京大屠殺主要責任的松井石根的性命（注1），雖然引來親族之中的一片指責，卻贏得了軍方的衷心擁戴
此後崇仁還親自頒布法律取消了不少皇族成員一直享有的特權，他的這些做法雖然損害了日本皇族在相當一部分國民心目中近乎于神的威嚴，但卻令他個人更受民眾和軍隊擁戴，後世評價說他「既將日本的帝制推向了頂峰，卻又為其挖好了墳墓。」
年輕的崇仁通過一系列的變革清除了舊日本內部的一些痼疾，更令日軍的整體實力進一步增強，但其中相當大一部分舉措都是要花錢的，而且花的還不是一點小錢，這對仍未從經濟困境中走出的日本來說無疑是個沉重的負擔，即便陸軍規模被壓縮到比戰前的兵力還少，也不足以填平這麼大缺口。因此崇仁同時推行的經濟改革，才是真正的重點。
日本現在最大的問題，說白了就是政府手中缺錢，更準確地說，是缺能夠在國際市場上買到商品的金銀等貴金屬和美元英鎊等購買力較強的外匯，這對資源嚴重依賴進口的日本來說非常致命。不過崇仁卻知道現在日本政府手里其實並不是一點硬通貨都沒有，只是一般來說這筆錢是不能動的，因為它是日本政府發行日元的準備金。但當初在解放區的幾個月中，崇仁卻曾經注意到解放區發行的所謂「人民幣」雖然沒有半點準備金作為支撐，但幣值卻能夠長期保持相對地穩定，並深受解放區百姓的歡迎。由此他認識到穩定紙幣幣值的其實不是金銀和外匯，而是國內民眾對政府的信心。而以日本島國民族的特性，越是國家困難的時候就越是團結，至少底層民眾一定會是這樣。相比之下，倒是有錢人帶著他們的財產大量出逃的風險不可不防
注1︰松井石根的戰犯身份還是免不了的，但被特赦而免于一死，胡衛東同意這樣的要求主要是考慮到公審處決一個日本皇族政治影響更大，同時朝香宮鳩彥王在南京大屠殺中的責任也確實要明顯大過當時有病在身而且事實上根本管不了他這個皇族成員的松井石根。不過最主要的原因還在于當時國際形勢的變化，使得中國必須盡快與日本停戰以騰出手來對抗更為強大的敵人，當然這些都是後話了(未完待續……)
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