為了保護航母，美軍多達一百余艘的輔助艦艇紛紛前出攔截魚雷，實在不行就自己去擋，無論如何都要保護好仍有可能扭轉戰局的航空母艦，但它們卻也因此損失慘重，此外也有並不想舍身堵槍眼、魚雷卻射偏了而被誤中副車的。結果僅僅在日軍第一波攻擊中，美軍就有1艘輕巡、9艘驅逐艦、2艘掃雷艦、5艘運輸船和1艘登陸艦被日軍的魚雷擊沉，如果再算上被航彈炸沉的7艘驅逐艦和3艘運輸船，以及那先後沉沒的6艘航母，那就更是嚇人，大概shijie上也只有產能恐怖而且地大人多的美國能夠連續不斷地承受這樣的驚人損失
不過，在這一波攻擊中，日軍也付出了不小的代價，盡管美軍的大口徑高射炮幾乎都失去了作用，但是美軍的戰斗機和小口徑近防火炮仍然對日軍飛機造成了不小的殺傷，因此日軍機群撤退的時候，總數已經只剩不到500架了，但它們也取得了擊落和炸毀了375架美軍飛機的戰績，即使只算飛機的交換比，他們也沒有吃虧，尤其日軍的損失當中超過一半（注1）還都是相對來說價值沒那麼大的陸基飛機（準確地說是飛行員，飛機本身的差別其實並不算大。）。
雖然蒙受了如此巨大的損失，但尼米茲並未下令撤退，因為之前派出的偵察機終于找到了日軍的兩個航母編隊。日機撤退的時候雖然故意分出一部分航程較遠的機型繞遠路迷惑追擊的美軍飛機，但是知道了目標確切位置的美軍機群卻不為所動。不管敵機的騷擾直撲日軍艦隊主力所在的方向。
日軍飛行員見狀連忙通過電台向艦隊示警，而戰斗機的飛行員們更是不顧座機燃油的消耗沖向敵人的機群試圖將其纏住，但是美軍轟炸機卻能利用俯沖一次次地擺月兌零式戰斗機的糾纏，再加上美軍戰斗機的攔截和纏斗，日軍的戰斗機飛行員們雖然盡了最大的努力，依然沒能阻止美軍轟炸機群不斷拉近著與己方艦隊之間的距離。
而另一方面，山口多聞早在發現美軍偵察機後就直到艦隊已經被盯上了，當即雙管齊下，一方面派出部分留守的戰斗機驅逐敵人派來偵察的戰斗機，另一方面則命令艦隊立即遠離。以規避美軍機群的反擊。
然而。因為美軍戰斗機速度更快，在其一心自保的情況下，零式戰斗機還真的很難將其怎麼樣，追又追不上。趕又趕不遠。一不小心還被對方利用一擊月兌離戰術無損地干掉了兩架。蹙眉注意著這一切的山口多聞無奈地微微嘆了口氣。感慨道，「僅有零式這種追求水平機動性的戰斗機，類型太過單一。很容易被敵人克制住，看來引進德國FW190戰斗機生產jishu的決定果然是正確的，只是這場戰斗終究趕不及了。」
美軍偵察機趕不走，日軍艦隊的規避也就不可避免地勞而無功，因為軍艦航速再快也遠遠比不上飛機。知道已經無法逃月兌的山口多聞只得把心一橫，命令各艦剩余的戰斗機開始升空應戰，零式戰斗機的速度雖然比不上美國人的戰斗機，也總比美國的轟炸機要強，攔截還是可以做得到的
不過第一波攻擊中日軍的轟炸機幾乎全都出動了，而為了給他們護航，戰斗機也很自然地派出了大半，因此留下保護航母的加起來也就不到一百架。至于那些一開始被美軍機群追著、後來卻變成是追著美軍機群的日軍護航戰斗機，隨著燃油的不斷消耗，所能起到的作用也已經十分有限了。不過令山口多聞稍稍安心的是，雖然戰斗機可能不那麼令人信賴，但是己方艦隊總數多達五百余門的各種高射炮還是能夠給予敵人以迎頭痛擊的
尼米茲認為日軍艦艇的防空能力不強，並非完全沒有根據，因為日軍高射炮無論是大口徑還是小口徑的性能都並不比美軍的同類高射炮出色，而數量卻遠不如美軍，單艦高炮的平均數量就差了至少1/3，而艦艇總數更是遠遠無法與美軍龐大的艦隊相比，因此僅以火力密度而論，日軍艦隊頂多只有美軍艦隊的三成，稱之為「很弱」並不算過分。
然而尼米茲不知道的是，日軍的小口徑近防火炮上現在都已經安裝了jishu來源于德國的陀螺瞄準具，射擊精度較前提升了好幾倍，而美國的盟國蘇聯雖然也掌握了這項jishu，卻因為視美國為最終對手的心態以及對美援遲到的不滿而並沒有轉讓給美國，因此在小口徑高射炮方面，美軍太平洋艦隊其實並沒有明顯的優勢。至于大口徑高射炮，至少日軍的近炸引信高射炮彈還能奇效，遠比美國大口徑高射炮淪落到只能換上榴彈來賭直接命中的那一點點小概率要強得多
結果，美軍總數不過幾百架的機群連一顆炸彈都還沒丟下去，就已經損失了一百多架（其中有接近一半是兩批日軍戰斗機的戰果），更令美軍準備不足的是，日軍的大和級巨型航母或許抗沉性設計比不上美國航母，但畢竟塊頭擺在那里，遠比美國人以為的要堅固得多
結果，先後有七八枚重量超過500公斤的高爆炸彈準確地命中了武藏號巨型航母，還有一條魚雷命中目標，卻依然只能令其失去戰斗力，卻沒法將其炸沉，而它的姐妹艦大和號作為日軍的旗艦，附近防空火力無比密集，對其發起攻擊的美軍轟炸機與護航戰斗機如同天女散花一般不斷被擊落，卻很難沖到它的上空俯沖投彈，而投射魚雷前必須減速平飛一段時間的魚雷機就更是如同送給敵人打的靶子一般損失慘重。雖然在美軍飛行員們舍身忘死的努力下，先後有兩枚重磅炸彈命中了大和號，但卻只是給其龐大的艦體造成了一點有限的創傷，或許甲板受損會對飛機起降造成影響，也應該算是取得了一點戰果，但距離美國人的期望，卻還是差得太遠了
注1︰陸基機場起降能力比航母強得多，而此役又是早就準備haode伏擊，因此事先中途島機場上的飛機就盡可能地都換成了轟炸機，而且以零式重型俯沖轟炸機和攜帶魚雷的水平轟炸機為主。由于它們對美軍航母的威脅最大，因此更自然地遭到了美軍防空火力和戰斗機的重點攻擊，所以損失率遠比艦載機大得多，客觀上減輕了日軍艦載機的損失(未完待續……)