黃明遼一直在等薛延陀部偷襲西突厥牙帳的消息，西突厥軍一退，黃明遼便清楚薛延陀部的突襲怕是成功了，于是命秦瓊、蒙躍二人各率一支騎兵縋在西突厥軍隊之後，不斷騷擾、攻擊其部。射匱可汗急于撤退，也顧不得身後隋兵，後來實在不其煩，只得留一部斷後。
這當然是有去無回，隋軍猛攻，其部全軍覆滅。
于是隋軍再追，斬首西突厥軍隊數千，追擊上百里乃還。
不是黃明遼不想繼續向西追擊，但此時若亡了射匱可汗，便宜的是薛延陀部，若是薛延陀部能將射匱可汗的目標引向天山以西，則遠比覆滅射匱可汗更有意義。
射匱可汗回到三彌山，眼看毀于一旦的牙帳，心中憤怒，又听聞突襲牙帳的薛延陀部向碎葉川而去，便驅趕軍隊追擊，誓要誅滅薛延陀部。
而黃明遼則命部隊南下，兵進焉耆。
焉耆是個古國，在兩漢的時候便存在了。期間不知道更換了多少個王朝，但一直以焉耆為名。
焉耆國也叫烏耆，《西游記》中的烏雞國便是以此國為原型。
焉耆國王自魏晉的時候便姓龍，北魏的時候，因為國王龍鳩尸卑那恃地多險，頗剽劫中國使，北魏派遣成周公萬度歸西征，滅亡焉耆國，置鄯善鎮。之後不久，焉耆先後被柔然、高車控制，又被厭噠破滅。後來，焉耆王族重新執政，焉耆國重新振興。
現在焉耆國的國王名龍突騎，都城方二里。國內有九城，勝兵千余人。
此時焉耆國信奉佛教，至于習俗，則和中原王朝差不多。
焉耆國是西突厥的一個屬國，不過在射匱可汗兵敗之後，黃明遼把第一個目標放在這里，除了因為這里離著輪台較近，還因為焉耆國的自然條件，在整個西域，也是頂級的。
焉耆國位于天山南麓，絲綢要道，境內有廣闊的敦薨浦（博斯騰湖），盛產黍、麥等農作物，種植棉花，甚至還有豐富的漁鹽資源。史書曾記載，「國王龍熙率群下四萬人肉袒降于前涼沙州刺史楊宣」、「國王龍鳩尸卑那以四五萬人出城守險以拒北魏軍」，雖然其人數記載未必可信，但從側面也證明了，焉耆能夠養活大量的人口，其九城之地，養萬戶五萬人口，還是沒有問題的。
其國土如此豐饒，水資源還豐富，苦于土地、糧食不足的黃明遼，如何不對這里垂涎三尺。
于是黃明遼以焉耆國依附西突厥，攻打宗主國為名，命令秦瓊為將，攻打焉耆。
焉耆國不敵，連連兵敗。
面對隋軍的攻擊，此時跟著射匱可汗在遏索山大敗的龍突騎幾乎沒有反手之力。當然小國也有自己的生存之道，龍突騎很快派人向隋軍投降。
面對焉耆國的投降，隋軍之中有兩個態度。
李節認為，可以接受焉耆國的投降，將之拉攏到大隋陣營，按照兩漢、魏晉經營西域的模式，保留其政府，並在此駐軍，大大減少隋軍的行政壓力。
但黃明遼卻認為此策不可行。
這些西域國家，完全是牆頭草，到了關鍵時候，根本不能相信，反而還要防著。畢竟西突厥還在身側，對西州也保持著優勢，誰敢說焉耆不會再次倒向對方。
而且保留這些國家，大隋便不能大規模對其移民，獲取其土，如此隋軍後勤壓力，還是不好解決。
李節覺得，這些西域小國傳承數百年，佔盡人心，當初北魏滅掉焉耆，還是讓焉耆王室復國。若是真滅亡了焉耆，往後怕是要陷入沒完沒了的叛亂之中。
但黃明遼卻是覺得，現在麻煩一些，總勝過以後麻煩。
「李長史若是擔心焉耆國人成為隱患，大不了我屠滅焉耆，總不會再有人反叛了吧。」
李節無話。
于是黃明遼決定滅亡焉耆，設立郡縣。
黃明遼先是下令秦瓊佔領焉耆國全境，並以令龍突騎前往輪台請罪的名義帶走其國主，然後對焉耆國境內進行清洗。
凡心向西突厥，或者是忠于王室的，盡被清洗。
黃明遼于是下令將焉耆國分為員渠（即焉耆都城）、尉黎、危須（今新疆和碩縣境）三縣，並置焉耆軍鎮，以秦瓊鎮之。同時分設于術、張三城、鐵門關等鎮。
焉耆國中，果然反抗激烈。龍氏統治焉耆數百年，影響已經深入到整個焉耆國的一草一木。
于是焉耆一地，烽煙四起，到處都是造反復國之輩。
黃明遼乃命秦瓊強力壓之。
柳驢城（今新疆焉耆回族自治縣西南）據城造反，秦瓊率部攻破之後，屠城築京觀，于是焉耆之地民眾畏懼，雖心向龍氏，但再無人敢造反。
焉耆畢竟小國，人數不多，面對隋朝大軍，也翻不起大浪來，于是焉耆之地乃平。
秦瓊又奉命繼續向西攻破龜茲國的烏壘城（今新疆巴州輪台縣境內），復置烏壘縣，又設立烏壘鎮。
烏壘之地，隸屬于龜茲，其地人口雖少，但處在西域的中心位置，西域都護府治所還在此地設置過。秦瓊佔據此地，離著三彌山不過三百里，隨時可以威脅到西突厥牙帳。
同時佔據烏壘，將隋軍在天山以南的戰線推進至西域月復地，依靠圖倫磧，雖然戰線前移，但防御難度反而大幅下降，只要以烏壘一點，便可阻擋西突厥全軍。
為了進一步威脅到西突厥的月復地，黃明遠又命契苾部前出鷹娑川，返回祖地。
鷹娑川，也就叫應娑，為西突厥泥撅處羅可汗所立小可汗駐地。泥撅處羅可汗居無恆處，然多在烏孫故地，于是為了方便統治，復立二小可汗，分統所部。一在石國北，以制諸胡國。一居龜茲北，其地名應娑。
後來鷹娑川在西突厥泥撅處羅可汗東逃後為鐵勒契苾部所佔據，只是契苾部也沒能守住此地。
鷹娑川就是後來的巴音布魯克草原，天山之中的一個小盆地，其在三彌山以東北，土地肥沃，牧草豐美，地理位置優越。佔據了此地，便能從側翼威脅到三彌山，而且從鷹娑川往南，便是烏壘州。兩地一在三彌山東北，一在三彌山東南，像兩支大鉗子一般，鉗制住西突厥。