按照黃明遠的計策，楊廣一方面對江南世家示之以恩，這一次更是選拔了數百江南世家的子弟為官；另一方面則用軍隊震懾，駐軍深入各州，雙重其下，迅速使得地方上開始安定下來。
若是按照既定政策實行，數年之後，江南地區還真可能成了楊廣穩固的大後方。
楊廣和黃明遠重視江南世家，但其他朝臣並不這麼認為。
泗州刺殺天子事件之後，楊廣命令大臣徹查此案，並下旨江南各地追剿萬安堂余孽，捉拿刺駕之賊子。又命各地取締天師教，緝拿妖人。
這件事本來是對南陳余孽一次有計劃的清洗，其目標性也很明確，就是反對勢力。在楊廣看來，此事並不會對江南的局勢有太大影響。
這朝野內外，最忌諱謀反之事，一有風吹草動，朝廷往往捕風捉影，見風是雨。
而且這皇權社會，尤其是在皇帝下達對案件的指示後，司法官員往往極力迎合君上心理，將嫌疑人犯屈打成招，把雞毛蒜皮之事辦成大案要案，然後大肆株連，揪出一撮又一撮的謀逆案犯。
因此負責查辦此案的大理寺少卿上儀同三司于士澄在江南大肆追查刺客，其本著「寧可錯抓千人，不可使一人漏網」的態度，只要稍有嫌疑，就抓起來嚴刑拷打。重刑之下，抓捕的人越來越多，竟然有數百人人被迫承認自己是刺客，而涉及到的萬安堂余孽達數萬人之多，俘囚滿獄。
本來一場有限度的追剿活動，最後竟有漫延之勢，成了一場對江南勢力的大清洗。
剛開始第一茬案犯報到楊廣這里，楊廣還並不以為意，大手一揮，「並令同日斬決」，下令將這數百人同日處死。
但之後案犯越來越多，連楊廣看了都滿是錯愕。
雖然誅惡務盡，但若是這樣殺下去，怕是整個江南的官吏、士紳都要殺光了。還怎麼拉攏江南世家。
楊廣命大理寺和刑部要嚴格復核這些案件。大理丞張元濟覺得此事頗為奇怪，這些被指控為萬安堂余孽的案犯涉及到方方面面，若是真的全是萬安堂余孽，對方早就能一舉掌控江南了，何必繼續蟄伏待機。
張元濟調閱了相關的文書檔案，發現大多數人的罪狀都是似是而非。
但于士澄在大理寺本就威望很高，且此次是天子下令的查案，本著殺錯不能放過的想法，龍威之下，司法部門竟沒有一個人敢觸逆鱗，這事便成了定案。
于士澄在江南大肆株連，每日被殺者無數。被抓獲的叛逆越來越多，最後竟然達到滿衙皆賊的地步。到了這種局面，于士澄也是大吃一驚，不過他騎虎難下，容不得後退，只得硬著頭皮將這個案子查下去，坐實了眾人的附逆之罪。
終于，江南的士庶終于無法忍受了。豆豆盒
十月四日，萬安堂余孽謝異、王褒、顧子元等人在吳州昆山（治所在今上海市青浦區東南）殺死縣令，扯旗造反。
吳州刺史劉權忙調集兵馬鎮壓昆山的叛亂，但此時江南士庶被于士澄的暴虐所激起的憤怒早就填滿胸膛。這時有人帶頭，江南豪強一呼百應，紛紛舉旗反隋，聲勢浩大。再加上萬安堂余孽的鼓動，整個江南立刻亂了起來。這些反隋武裝「執縣令，或抽其腸，或臠其肉食之，」手段殘忍，影響惡劣，嚴重動搖了大隋政府在江南的統治基礎。
到了這個時候，別說再繼續清洗了，若是不能鎮壓叛亂，江南怕是要亂了。這場動亂實際上是一場無妄之災，若不是地方官員為了政績為凌虐百姓，也不會引發這麼大的騷亂。
楊廣听聞消息之後大怒，立刻命各地清剿匪患，安定地方。
為了徹底鎮壓各處盜匪，楊廣以黃明遠為吳州道行軍大總管，江南安撫大使，率領禁軍和淮南府兵征討江南叛逆。楊廣授予了黃明遠便宜行事的權利，江南四品以下官員可任由黃明遠處置。而實際上整個江南也沒有幾人是四品以上的官吏，黃明遠事實上成了江南官員的太上皇。
臨別之際，楊廣拉著黃明遠的手說道︰「江南之地，本就人心不附，此次賊亂，正是徹底清理這些叛逆的好機會。卿切記要將叛逆攘除干淨，勿使江南再次為亂。」
楊廣性格有時候的確太剛了，難道不知道若是如你這般，這仇恨便要深重，江南人心更不附了。楊廣做的很多事情再後人看來都得不償失，不是他沒有理智，而是他覺得不必在乎。
黃明遠當然不會像楊廣要求的這樣。雖然到了吳州之後，一陣大殺四方，也能很順利地平定叛亂，到時候賺得一堆封賞更是易事，但為天下計，解決問題不是這麼做的。
雖然平亂之事很急迫，黃明遠仍前往大理寺和刑部，將各處謀反案的卷宗都帶上了。大理丞張元濟這一次將自己對這些案件的審核全部交給黃明遠，看著這一件件觸目驚心的案子，黃明遠也不禁皺眉。這于士澄真是找死，若不是知道于士澄乃是天子的心月復，甚至黃明遠都覺得于士澄在故意制造混亂。
十月十五日，黃明遠帶領六千禁軍和揚州本地官軍萬余人從江都港渡河，直撲大江以南的延陵（即京口，今江蘇省鎮江市）。
延陵為江南之要隘，控南扼北，為兵家必爭之地。
此時不過半個月的時間，吳州的動亂已經蔓延到延陵等地。雖然延陵城並未被叛軍所攻佔，但延陵各地，大批暴民肆虐，官府在此的統治不復存在。
黃明遠命右領軍將軍麥鐵杖率領步騎三千直奔延陵城，沿途暴民，盡皆擊潰之。
等到麥鐵杖率軍到了延陵城下，竟有數千暴民圍城。這些暴民雖然有一些大族私兵裹脅，但本身沒有組織。麥鐵杖一擊之下，便將其擊潰。賊軍四散潰逃，這時延陵之圍乃解。
解了延陵之圍，大軍才有了一個安全的前進基地，而江北的物資也能順利的運到大江以南。
黃明遠顧不得留在延陵安撫百姓，只留下左武侯大將軍郭衍率兵五千在延陵繼續安撫士庶，清理叛軍殘余，其余部隊繼續南下。