伊吾國立國數十年，雖然國家不大，但因為地理位置特殊，積攢的財貨不計其數。因此整個伊吾國的權貴階層，無不豪奢婬逸，腐化墮落。這一次黃明遼攻破伊吾國，將伊吾國的權貴階層清洗了一個遍，整個伊吾國的大部分財富都落到黃明遼手中。
黃明遼乃將部分財貨分給部下，並允他們在伊吾安居樂業，至于剩余部分則用來經營伊吾。
按照楊廣的安排，在伊吾城西南建立了新伊吾城，又建了柔遠（治今新疆哈密市東南）、納職（治今新疆哈密市西三堡）二鎮。此二鎮與伊吾城三面拱衛新建的新伊吾城，為其屏障。
原本朝廷對怎麼安置這支西征大軍並無說法，但黃明遠上書楊廣，開拓容易戍守難，可以長征健兒屯墾西域之地，願意攜帶家屬的皆允其定居新伊吾，因此新伊吾又斷斷續續遷來數千戶人家。現在中原徭役苛刻的很，使得很多人願意向西乞活。雖然背井離鄉，路途迢迢，但至少能有條活路。
黃明遠後來又斷斷續續偷著往新伊吾提供了約兩萬名青壯，都是關中、關西地區活不下去的百姓。而有了這兩萬名青壯，黃明遼竟然在小小的伊吾供應起近三萬軍隊，橫掃無數國家，這又是後話了。
黃明遼攻破伊吾，無論是北面的泥撅處羅可汗還是高昌王麴伯雅都沒有任何反對意見。他們可不是石羔這種沒見識的土鱉，大隋的強大印刻在他們的心頭。若是不信，你可以去問問突厥已死的都藍可汗和剛死的步迦可汗。
黃明遼雖只是攻破了伊吾城，踏出小小的一步，卻有些打破了西域的局勢。
雖然西域又多了一個強勢分蛋糕的人，但畢竟是敵人也是以後的事情。而現在西域各部勢力，泥撅處羅可汗和契苾哥楞、射匱可汗等各方混戰，早就打出狗腦子了，眾人現在都想做的便是獲得大隋的支持，以擊敗其他勢力，至于會帶來的危害，那便顧不得了。
很快各方都來到伊吾，向黃明遼伸出了橄欖枝。
很快，黃明遼進入西域的影響便開始出現。
大業四年十二月，身處鄯善的西突厥吐屯設阿史那攝將以鄯善、且末等地向黃明遼投降，請求歸附大隋。
阿史那攝雖控制著龐大的鄯善、且末等地，但一直被泥撅處羅可汗打壓。隨著泥撅處羅可汗逐漸長大，為人也越來越狠辣，阿史那攝唯恐步薛延陀部那些被殺酋長的後路，一支戰戰兢兢。
這一次大隋進入西域，阿史那攝看到了機會，若是投降隋人，既獲得了一條大粗腿，躲避泥撅處羅可汗的打壓，又能以第一個投降大隋的人獲得千金馬骨的待遇。思慮再三，阿史那便果斷的投降大隋。
當今世上，若論大腿，還這沒有誰比大隋更粗。
阿史那攝的歸附，使得黃明遼平白佔據了鄯善（今新疆若羌附近）、且末（今新疆且末附近），打通了南線通往蔥嶺以西的道路。這個時代的鄯善、且末，可不是後世貧瘠、荒蕪的南疆。南疆大河且末水（車爾臣河）向東沿著且末、鄯善流入南疆第一大湖蒲昌海（羅布泊），沿途良田綠洲無數，物產豐饒，農業最是發達。
而據有這二地，黃明遼便可養活足夠的兵力。
黃明遼既攻破伊吾，又新得鄯善、且末，便報之于洛陽朝廷。
楊廣得信大喜，黃明遼此戰，望一而得三，不僅報了伊吾國襲殺隋使之仇，還為大隋開拓西域站穩了腳跟。現在大隋在西域擁有伊吾和鄯善、且末等地，向北、向西可通達西突厥，隨時威脅其月復地。向南便和河西、隴右將整個吐谷渾之地包圍，穩定西陲，使關西無憂。
而且楊廣還充滿了野望，若是可以，大隋也能如西漢一般，攻取天山南北，越過蔥嶺，一直向西，建立屬于自己的西域都護府，比肩漢武帝。
大隋新佔三地，自是不能放棄。尤其是黃明遠數次上書，要移民實邊，編戶齊民，永葆其地。
三地之中，鄯善、且末各有王國，幾無漢人，而且還有突厥阿史那攝在此，因此大隋雖然名義佔據，實際上能夠經營的只有伊吾。
若是要設立都護府，還稍有不妥，而且容易引起突厥和西域諸國的敵視，得不償失。最後黃明遠建議楊廣可在伊吾設置一個新的總管府，統挾西北軍事。等到時機成熟之後，再設置西域都護府。
楊廣深以為然。乃下令在伊吾國故地設伊吾郡，鄯善國地設鄯善郡，且末國地設且末郡。三郡之上，設西州總管府，治新伊吾城，統轄三郡軍事。
黃明遠又建議三郡之中，只有伊吾郡能發揮作用，實力稍弱，不能抵擋西突厥。不若將敦煌郡以歸西州總管府統轄，也能使其有穩定後方。
隋朝的玉門關是在現在甘肅省瓜州縣以東，因此敦煌郡三縣之中的敦煌、常樂（今甘肅瓜州縣東南鎖陽城）皆在關外，郡治更是在最西面，以敦煌郡屬西州，並無不妥。
楊廣乃從之。
西州總管府的官員自然以此次西征將領為主。黃明遼授正三品金紫光祿大夫，遷西州總管府總管，領伊吾郡太守。伊吾之地，也沒有什麼民事，為了方便屯田，因此便以黃明遼兼之。
以李節授正四品正議大夫，為西州總管府長史；衛玄之子衛孝則為司馬。
王威授左虎賁郎將；高震授從三品銀青光祿大夫，為右虎賁郎將；尉遲恭、伏延旺榮分授從四品通議大夫，分任左、右虎牙郎將。
蔣允會授從五品朝散大夫，遷伊吾郡郡丞；
暴固授從四品通議大夫，遷伊吾郡郡尉；
蒙躍授從三品銀青光祿大夫，遷且末郡郡尉領郡事；
秦瓊授從四品通議大夫，遷鄯善郡郡尉領郡事；
二郡並無漢民，因此不設太守、郡丞，只以郡尉領之。
又命崔仁恕代為權敦煌郡太守；
黃明誠授從四品通議大夫，仍領郡尉事。
至此，整個西州之地，盡落入黃明遠的手中。