隨著範頭黎實力的大增，範頭黎也躊躇滿志，準備重建林邑，因此其命令軍隊不斷向隋軍發起攻擊。
此時的黃明聰尚未完成整合，實力不足，則收縮兵力于多農城（今越南會安市西）一帶，不斷被動防御。
大業三年四月，範頭黎率領糾集的三萬人馬，直逼多農城，企圖徹底摧毀隋軍在多農的據點。
多農往北不遠便是天南港，馬援立銅柱便是于此。天南港是日南最重要的對外貿易港口，自是不可以丟。因此黃明遠在多農城無路可退，只得與對方決戰。
此時黃明聰手上只有九千余人，還有部分新兵，難以與林邑軍決戰。為了破敵，他將主力至于多農城中，準備堅守。又令楊弘禮率領兩千余人沿著廣南河（今越南秋盆河）一路向西，迂回到林邑軍的側翼待命。
範頭黎到了多農城下，多農城已經被黃明聰布置得如銅牆鐵壁一般，急切之間，難以攻下。範頭黎遂于多農城外挖掘壕溝，準備長期圍城。
林邑軍圍城三月，損失慘重。
林邑軍雖然聲勢浩大，人數眾多，看起來很是回事，但其實有著致命的缺陷。那便是這些部隊不是範頭黎一人的軍隊，而是支持範頭黎的多方勢力組建的軍隊。這些人來源復雜，山頭不一，甚至很多的部隊的所有者之前在林邑的時候都是敵對者。因為範頭黎的聲勢很足，這些才跟隨範頭黎反隋。大部分人是想著趁隋軍主力返回，來一場趁火打劫，不管能不能恢復林邑國，至少可以重新劃分勢力範圍。
但這一戰出人意料，人數眾多的林邑軍在多農城下踫了一個頭破血流，損失慘重。對于大部分人來說，他們是來撿便宜的，不是和隋軍血戰的。眼看傷亡越來越大，眾人已經無心再留在多農城窮耗兵力，因此紛紛勸範頭黎撤退。
範頭黎雖為新王，但年不過二十，並沒有多大的實力。朝中很多事情全由幾個重臣把持，他本人根本做不得主。
此時眾人商議，返回古壘洞，再做計較。範頭黎雖然不太滿意這個結果，但也拗不過眾人。
滿心疲憊的聯軍向南撤兵，而隋軍也已經做好了反攻準備。
在聯軍撤退的途中，一直受命潛伏的楊弘禮率兩千余人從林邑人的側方突襲聯軍，早就不堪其重的聯軍立刻大潰。兩萬多人四處潰逃，潰不成軍。黃明聰乃從後追上，一路掩殺。
範頭黎慌不擇路地返回古壘洞，身邊衛兵盡皆戰死。範頭黎最後帶著幾十個人逃到一處村鎮，被嘩變的部下所殺，獻首于隋軍。
範頭黎死在了逃跑的途中，林邑叛軍也失去了領袖。黃明聰乃率部一路追殺，攻破了林邑叛軍最重要的據點安樂城和古壘洞，徹底摧毀了這支林邑叛軍。
此時張鎮州也率領五千交趾部隊從北方趕到，有力地支援了黃明聰。黃明聰手上兵力充足，聲勢大振。
黃明聰乃和張鎮州兵分兩路出擊，黃明聰率軍沿著海岸線進軍，而張鎮州則深入內陸。
兩路隋軍橫掃各地的反叛勢力，並在尸唎皮奈擊敗了另一支林邑叛軍主力。
大業三年十月，隋軍經過艱苦卓絕的奮戰，終于徹底剿滅了林邑境內的所有叛軍。
‧‧‧‧‧‧
穩定了林邑的形勢之後，黃明聰便開始逐步收權。
大隋在交趾本有三個州，即交州（交趾郡）、愛州（九真郡）、驩州（日南郡），攻破林邑之後，又新增了蕩州（比景郡）、農州（海陰郡）、沖州（林邑郡）三州。
這六個州中，除了交州以外，其余五個州無論是實際控制面積還是漢家人口都很少。而且因為位置太靠南，整個嶺南之地都是地廣人稀，連移民都不具備可行性。
總不能從河南、河北往這里移民，不說花費，就是自然環境和氣候移民一時半會也受不了。
為了便于管理，減少重疊的行政體系，也為了使得黃明聰有機會完全控制整個交趾，在大業三年的合並州縣一事中，黃明遠以「交趾之地民少官多，不便管理」為由，建議將九真、日南合並為九真郡（漢九真郡），比景、海陰、林邑三郡合並為日南郡（漢日南郡）。
楊廣其實也對交趾之地不怎麼了解，至于當地什麼情況基本上都是從奏疏中看到。
合並後的九真、日南二郡的設置都是兩漢時期的疆域，並不算出格，因此楊廣很快便同意了黃明遠的建議。
黃明遠趁機表黃明聰為日南郡太守，沈映為九真郡太守。再加上擔任交趾令的崔仁翰，整個交趾三郡基本上落入黃明聰手中。
林邑之地，其民源自古老的百越一族，自東漢時期便月兌離了中原王朝的統治。老百姓並不向往中原文化，也對中原王朝沒有什麼歸屬感。
因此要想長久地佔據此地，極其困難。
黃明聰平亂之後，先是大肆給麾下將領、士兵在林邑安家，通過聯姻等多種方式，使得每人都在林邑娶了一個或多個老婆。
將士們成了家，心也安在了此地。
黃明聰乃開始對林邑之地進行漢化。除了要求所有人說漢語，寫漢字，穿漢服，用漢禮以外，再通過林邑人治林邑人，提拔了一批願意跟著隋軍走的林邑中小貴族。至于那些大貴族，基本上都被殺光了。
黃明聰又在林邑設置了十五個集中管理區，每個區都是兵、民一體。為了加快荒地的開墾，提升糧食產量，把林邑變成一個糧食產區，大批的犯人被發往各個集中管理區進行開墾、種植。黃明聰以林邑人為監工，進行定額管理，又以隋人善于耕種者為技師，很快便開墾了大量的荒地，收獲了大批糧食。
因為管理區內人力缺乏，黃明聰便鼓勵奴隸貿易，吸收各地大量人口為奴。來往的真臘、扶南等地，大批的人口被販賣、擄掠至林邑。而林邑的糧食產量也在剝削與殘酷的壓迫中，節節攀升。
整個林邑開始了一種雖然畸形但符合大隋利益的欣欣向榮。