三月二十二日，瑯琊王司馬德文以天子名義下詔，廢除元興年號，恢復年號隆安，派侍中前往新亭勞軍，名義上承認了桓玄清君側的勝利。
在祠部官員的引領下，鼓樂聲中桓玄乘坐畫輪車前往京城，身旁旌旗飄擺，刀槍耀日。
車隊從宣陽門前往大司馬門，御道兩旁官吏、百姓拜伏于地，桓玄感慨萬分，闊別京城十年，他終于以勝利者的身份重新踏上御街。
太元十六年秋，司馬道子酒醉訓斥「桓溫來欲作賊，如何」，讓桓玄驚恐不安，今日司馬氏的存亡操于己手，何等快意。父親當年未竟的事業，自當承之。
太極殿前下車，桓玄整理衣衫，在侍中的引領下不急不緩地邁步走進東堂。
天子司馬德宗坐在高座上，木然地看著恆玄拜倒向他施禮，不發一語。身旁的瑯琊王司馬德文替天子應道︰「南郡公免禮。」
桓玄起身，毫不客氣地望了司馬德宗一眼，早就听聞天子愚笨，不會說話，便連冷暖都不知，這樣的笨蛋為一國之君，朝庭焉能不敗。
看著朝臣們紛紛向自己揖禮，桓玄仿佛看到了當年父親桓玄站在朝堂之上，群臣俯首，一呼百諾。
禮畢，桓玄開始以天子名義下詔，第一道詔令，為荊州軍正名，把戰起的罪責歸于司馬元顯。
詔曰︰「義旗雲集，罪在元顯。太傅已別有教，其解嚴息甲，以副義心。」
解嚴是宣告結事結束，息甲則是讓六軍繳械，听候荊州軍發落。
緊接著第二道攬權，桓玄加封自己總百揆，侍中、都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州牧，領徐州刺史，加假黃鉞、羽葆鼓吹、班劍二十人，置左右長史、司馬、從事中郎四人，甲仗二百人上殿。
總百揆，總攬朝政，掌管百官及天下各種政務，權臣篡三步，總百揆、劍履上殿入朝不趨贊拜不名、加疏禮然後禪讓。
眾臣瞠目，桓玄的野心暴露無疑，只是荊州兵馬控制著京城內外，誰敢發聲反對。
桓玄很滿意朝臣們的反映，看來自己的威望足夠，王謝兩家子弟亦不敢作聲。
接下來是把控朝堂，桓玄以總百揆的身份宣布，任命桓謙為尚書左僕射、中軍將軍，參掌尚書省，掌京中六軍；桓石綏任黃門郎、左衛將軍，守衛宮城；卞範之為建武將軍、丹陽尹，負責京城四周軍事事宜；王謐為中書令，領軍將軍、吏部尚書，執掌尚書省和百官選任。
王謐是王導曾孫，生父王劭，過繼給伯父王協，與王珣是堂兄弟，王珣之父王洽與王劭等人是兄弟。
王謐為人圓滑，左右逢源，與皇族、各大門閥的關系都很密切。
桓玄之所以看重他，除了王謐出身瑯琊王家，身份高貴外，便是看重王謐善長與人打交道，可替他緩和與世族之間的關系。
劉裕當年被刁逵綁于樹上鞭打，便是王謐解救，王謐算是慧眼識人。
朝堂換成自己的親信把持，方鎮當然也要換上自己的親信。
桓玄自領揚州牧；其兄桓偉進安西將軍、由江州刺史改任荊州刺史，兼領南蠻校尉。
此次進攻建康，桓石生多次傳遞消息，居功甚偉，桓玄封他前將軍、江州刺史。
桓修進右將軍、都督六州諸軍事、兼任徐兗二州刺史，許諾給劉牢之的青兗刺史成了空話。
雍州為楊安玄所奪，桓玄當然不會罷休，任馮該為雍州刺史，奪回襄陽。
朝庭授楊安玄為雍州刺史，都督雍、梁、寧、益四州軍事，成為了桓玄的心病，寧、益兩州毛家經營多年，又在偏隅，一時難以動搖，桓玄決定換掉梁州刺史郭銓。
此次進攻建康，苻宏勸降楊秋，表現出對
自己的忠心，桓玄將苻宏封為梁州刺史，讓他配合馮該對雍州進攻。至于郭銓，桓玄決定調他返京，任前將軍。
豫州刺史、譙王司馬尚之兵敗後逃往涂中，被人告發被擒，正押往京中。桓玄沒有安排豫州刺史的人選，準備留與劉牢之。
里里外外安排妥當，天色已經不早，桓玄有些疲乏，準備前去休息。
桓玄在京中並無住所，居于宮中于理不合，京中最好的宅院莫過于烏衣巷，桓玄看到謝混笑道︰「望蔡縣公，愚有意暫借在謝太尉宅中，不知可妥。」
謝混淡然應道︰「召伯之仁，猶惠及甘棠；文靖之德，更不保五畝之宅邪？」
桓玄臉色一變，面露慚色。
卞範之連忙緩和道︰「東府是丞相辦公之所，主公即任丞相，何不就在東府住下。」
桓玄順坡下驢，道︰「善。」
接下來幾天桓玄很忙，京中門閥紛紛前來示好，親朋故舊自然要前來跑官要官。
新安太守殷仲文，原南蠻殷覬之弟，殷仲堪的堂弟，是桓玄的姐夫，因桓玄受朝庭猜忌，貶為新安太守。
得知桓玄入主建康，殷仲文當即命人備車，棄了新安太守之職，前來京城投奔桓玄，桓玄命其為咨議參軍。
桓玄感覺暢快無比，朝堂之上無人敢出反對之言，一應朝政皆由他他說了算，恨不能在東堂之上疾呼「大丈夫當如是」。
桓玄的荊州兵馬接管了京城，北府軍北府軍在劉牢之的率領下並未進京，而是退守冽洲，等候桓玄兌現封賞的諾言。
劉衷得知桓玄進京，帶著豫州水師千余人出長江口，駐扎在一處海島。
當初楊安玄剿滅逐水雁，讓接任的劉衷查找逐水雁的暗巢，功夫不負有心人，真讓劉衷找到了這座孤島。
島上有淡水，許宏在島上還積存了不少糧食物資，劉衷便將此島闢為基地，率艦出海時會來此補給。
眼見京城被自己牢牢把控，桓玄開始「快意恩仇」，舉起清算的屠刀。
首先要殺的當然是司馬道子父子，司馬元顯的罪狀很好羅列，「驕奢狂縱，殘害忠良，任用女干邪」等等，與其六子被判棄市。
倒是會稽王司馬道子的罪名難安，桓玄記恨當年之仇，以「貪婪驕恣、寵昵群小、酗酒、縱子不孝」等罪名上疏，建議將司馬道子棄市。
司馬道子與京中門閥交情深厚，常常在一起宴飲悠游談玄，京中士族都以為處罰太重，朝議時否決了桓玄的建議。
桓玄初掌建康，亦不敢太過違逆門閥的意願，畢竟朝堂上的眾人彼此之間非親即故。
互相妥協，最後以天子名義下詔，流放司馬道子江州安成郡。
說來可悲，司馬道子身為會稽王，曾任太傅、丞相、司徒、揚州刺史等要職，主政多年，被押送至延尉時，滿朝文武居然無一人相送。
守孝在家的王珣之子王珣，特來道旁相拜、攀車涕泣，算是還了當年屢次征召的情份。
處理完司馬道子和司馬元顯，剩下的小角色很快就被決定了命運。
司馬元顯的心月復張法順、太傅參軍荀遜、庾楷庾鴻父子、吏部郎袁遵、譙王司馬道子一同棄市。
讓人沒想到的是桓玄居然把冠軍將軍毛泰、游擊將軍毛遂也歸在棄市之列，毛泰在抓拿司馬元顯時痛毆了他一頓，一是解解心中怨氣，二是向桓玄表明自己與司馬元顯誓不兩立，結果弄巧成拙，自己與兄弟也成了陪斬之人。
司馬元顯的兩大心月復，張法順和王誕，桓玄當然不肯放過王誕。右將軍桓修為舅舅求情，桓玄看在自家堂兄的面子上沒有殺王誕，將其流放廣州嶺南。
被判流放的還有丹
陽尹司馬恢之、廣晉伯司馬允之，太傅主簿毛遁等人，京城一片血雨腥風。
說實話，在確立執政、誅殺政敵的時候，桓玄心里還是存了一分顧忌，他怕劉牢之出聲反對，畢竟劉牢之手握數萬北府雄師。
然而，劉牢之一句話也沒有說，從桓玄分派方鎮的情況來看，豫州刺史的位置空了出來，應該是留給自己的。
京城，桓玄自覺準備妥當，開始著手處置北府軍以及劉牢之之事。
得知桓玄宣布任命自己為征東將軍、會稽內史，劉牢之驚愕萬分，怒道︰「這麼急著奪愚手中兵權，禍不遠矣。」
京城，劉敬宣深感不妙，于是向桓玄稟明，回冽洲勸說父親接受朝庭任命。
桓玄亦在試探，若是劉牢之接受任命自然皆大歡喜，桓修兼任徐袞二州刺史，自然順理成章成為北府軍的統率。
若是劉牢之率軍來攻，自己便收回成命授劉牢之為豫州刺史，和氣收場。至于劉敬宣是殺是留，無關大局，讓他前去無妨。
劉敬宣急奔回冽洲，告訴父親桓玄要下毒手，讓劉牢之先下手為強，率北府軍攻打建康。
劉牢之猶豫半晌，道︰「軍心不穩，荊州兵馬虎視在側，且先移兵班瀆再說。」
班瀆(1)，新州西南，離建康已遠。桓玄得知消息後大喜，道︰「北府軍不再為憂。」
駐師班瀆之後，劉牢之先行找來劉裕，道︰「德輿，愚悔不听你言，釀成今日之禍。桓玄欺愚太甚，愚打算率軍北上廣陵，與高雅之會合，起軍討伐桓玄，你可願隨愚前往。」
劉裕斬釘截鐵地道︰「將軍率數萬北府雄師，卻不戰歸降桓玄。如今桓玄掌控朝堂，天下臣民盡皆順服，廣陵雖近，愚恐桓玄不會讓將軍輕易前去。愚已然心灰意冷，想解甲歸田，回到京口度此殘生。」
見劉裕不肯隨他去廣陵，劉牢之又找到外甥何無忌，何無忌不置可否。
何無忌與劉裕關系密切，知道劉裕雄才大略，徑直來問劉裕的意見。
劉裕嘆道︰「我看你舅父難逃桓玄毒手，你不妨隨愚前去京口。桓玄如果守臣節咱們就投靠他，否則咱們背靠京口匡扶社稷。」
雖然未得到劉裕和何無忌的答復，劉牢之此時已決心討伐桓玄，召聚眾將和僚屬商議北上廣陵，據守江北以抗桓玄之事。
參軍劉襲道︰「事之不可者莫大于反，將軍先反王兗州，再反司馬郎君，現在又想桓公，一人三反，何以自立。恕愚難從。」
說罷，劉襲徑直出帳離去。帳中將領、僚屬對視一眼，紛紛離席出帳，整個帳內只剩下寥寥幾人。
劉牢之驚恐萬丈，知道軍心已失，自己再難指揮北府軍，忙命劉敬宣先回京口迎接家眷，然後一同逃往廣陵。
三月二十八日，約期已至，劉敬宣卻不見蹤影。劉牢之以為全家都被桓玄所殺，只得領著部曲向北逃走，行至新洲，自縊而亡。
一個時辰後，劉敬宣趕到，得知父親縊死，根本不敢停留祭哭，直接乘船渡江，投奔廣陵。
劉牢之的部曲將劉牢之裝殮起來，把靈柩運回丹徒。
桓玄得知劉牢之已死，頓覺渾身輕快，命人剖開棺木，砍下劉牢之的頭顱，暴尸于市，可嘆一代名將死于非命，身首兩處。
襄陽，楊安玄從郗恢的信中得知京中劇變，血雨腥風大作，很快就要撲向雍州。
馮該大軍尚未到來，對于這位殺父仇敵，楊安玄準備斬下他的人頭祭奠楊佺期。