楊安玄最擔心秦、魏兩國趁晉國發生戰亂出兵掠地，然而上天相助，秦、魏等國自身不得安寧，無暇顧及晉國。
重新恢復西秦，乞伏乾歸見秦國勢微，率軍攻打奪取金城郡；大夏國赫連勃勃派其佷兒左將軍赫連羅提攻打定陽，活埋俘虜的後秦將士四千余人；又親征隴右破白崖堡，將沿途擄獲的百姓一萬六千余戶遷至大夏國大城。
緊接著南涼與北涼相互爭斗，互擄百姓，攻伐不止；柔然國趁拓跋珪身死國內不穩之機出兵北魏，魏皇拓跋嗣親征柔然，柔然汗在逃走途中身逝，因其子胡久閭度拔年少，部分擁其弟郁久閭斛律為汗，拓跋嗣于七月中旬還師平城。
秦國越發勢弱，乞伏乾歸再次發動攻擊，于越質、屈機擄走十余部落二萬五千余人遷往苑川。八月，乞伏乾機將國都遷往苑川。然後攻打後秦略陽、南安、隴西各郡，皆克，撤走時將百姓二萬五千余戶十余萬人遷往苑川和枹罕安置。
鮮卑僕渾部落、羌句豈部落、輸報部落、鄧若部落等見後秦對西秦的進攻沒有反應，感覺後秦沒落，棄後秦降于西秦，計二萬余戶。
姚興感覺西秦成為禍患，但手中沒有兵馬前去征討，于是命其三子廣平公姚弼為雍州刺史，鎮守安定，威懾西秦。
姚弼受姚興寵信，其謀臣姜紀向姚弼建議，讓他交結尚書令、衛大將軍、常山公姚顯以及姚興身邊掌權的大臣，讓姚顯等人替其美言調回京中任職，以圖將來。姚顯，姚興五弟，文武全才，素有雅望，深得姚興信任。
姚顯數次在姚興面前進言稱姚弼賢德，加上姚興身邊的近臣不時說辭，東晉義熙七年、後秦弘始十三年正月，姚興果然召姚弼還長安，授其尚書令、侍中及大將軍，地位僅次于太子姚泓。
姚弼離開安定，姚興升任太常索稜為太尉，兼隴西內史，讓他招撫西秦，派鎮東將軍楊佛嵩鎮守安定。
乞伏乾歸見好就收，派使節送回擄獲的後秦官員，請示稱臣歸附。于是姚興封乞伏乾歸為征西大將軍、河州太守、單于，其子乞伏熾磐為鎮西將軍、左賢王、平昌公。
不過，姚興和乞伏乾歸都知道，雙方都暫時無力發動攻擊，各自休養生息，等待時機。
後秦霉運不斷，剛按倒葫蘆又起瓢，北方的大夏國不肯放過後秦，先是出兵破大蘇堡，斬安遠將軍姚詳；出擊安定城，擊敗鎮東將軍楊佛嵩，四萬五千秦軍投降；再攻東鄉，擄百姓三千余戶遷至貳城，後秦的兵力縮減至十萬以下，無力對外用兵。
柔然國主郁久閭兒斛律受到北魏的壓力，于是向北魏進貢三千匹戰馬，求娶馮跋之女樂浪公主，馮跋同意。柔然與北燕結成聯盟，共同抵御北魏。
楊安玄看著暗衛發來的諜報，心中估算著後秦剩下的兵馬應該與自己相差無幾了，是時候為伐秦做準備了。
不過，攻打後秦必然引來群狼環伺，首先便是大夏國的赫連勃勃會趁火打劫，西秦也會蠢蠢欲動，諸涼說不定也要從中分杯羹。對付國力衰敗的後秦不難，難的是如何應對隨之而來的群狼。
楊安玄打算召集散于各處的麾下，為將來的伐秦統一思想，準備好輜重糧草，為滅後秦之戰做好充足準備。
…………
盧循和徐道覆已經走到了末路。從豫章順水路南下，一路收攏到六千余名潰逃的變民軍，眼看回到始興郡，盧循的心中稍定，當初東陽兵敗逃往番禺的時候不過也就幾千人，到了廣州休整幾年便可東山再起。
然而，當盧循在始興城中見到父親盧暇、孫建之等人，方知老巢番禺已被朝廷兵馬佔領，不覺憂心如焚。
更讓盧循著急上火的是劉裕顯然不打算輕易放過他，他剛到始興城不久，劉藩、劉懷慎便率領朝廷兵馬翻山越嶺追至。
盧循對徐道覆道︰「事已至此，唯有拼死一搏。道覆你守穩始興城，愚南下奪下番禺，若事情順利則率救兵回援，否則你我黃泉之下相見。」
留下兩千兵馬給徐道覆，盧循帶著剩下的四千人南下番禺，沿途搜尋百姓裹脅成軍，至番禺城下里亦有萬余人。
劉藩兵至始興城下，下令攻擊，沈田子正好率軍在陽山準備攻打桂陽城，聞訊率軍與劉藩匯合。徐道覆麾下兵馬疲憊不堪，面對人數佔優的晉軍，勉強堅守了五日。城破，徐道覆被殺。
番禺城下，盧循攻城，城中僅剩二千兵馬，孫處發動百姓上城協守。盧循一面派人攻城，一面四處搜羅百姓搜刮糧食，接連進攻了二十多天番禺城仍未攻克。
沈田子率軍馳援，城中守兵見援軍到來，士氣大振。此時盧循已經聚集了兩萬多人，想以優勢兵力先行擊潰沈田子。沈田子背水列陣，率先朝盧循軍殺去。
不等沈田子沖至陣前，盧循軍先自驚亂，此時孫處率軍從城中殺出，一舉將盧循亂軍擊潰，斬殺俘虜萬余人。
盧循率殘部往西進入交州，孫處與沈田子率軍追擊，于蒼梧、郁林、寧浦三戰三捷，孫處卻水土不服染上重病，不久身逝。廣州刺史褚裕之到任，劉藩、沈田子等人奉命率軍返回京城。
盧循竄往交州，攻佔合浦，恰巧山賊李奕等人與交州刺史杜慧度有仇，兩者合兵攻打交州治所龍編。
龍編城外，杜慧度用雉尾炬火焚變民軍船只，盧循中箭投水而死，杜慧度撈出其尸體斬首，連同盧循之父盧暇、四個兒子以及錄事參軍阮靜等人的首級，全部送到建康。
至此，歷時十一年的孫恩、盧循之亂徹底平定。
朝廷下旨賞功，授劉裕為太尉、中書監，錄尚書事、揚州刺史等官職不變。劉裕知大局已定，這次不再推辭，欣然接受。
天子又以雍州軍南下相助平叛為由，加楊安玄為侍中、驃騎將軍；以後將軍劉毅守護建康、督運輜重之功復任衛將軍，開府儀同三司，重返歷陽任豫州刺史；其他有功將領一並封賞。
劉穆之轉任太尉府司馬，替劉裕在京中招募有才之士，吸納了大批孟昶的參佐入太尉府，原左光祿大夫殷茂之孫、故司徒王謐女婿殷景仁；故太尉謝安之兄謝據曾孫、驃騎長史謝重之子謝晦等俊才都得到劉裕的重用。
劉毅發覺劉穆之對劉裕的幫助極大，在背後替劉裕出謀劃策，不少門閥受其拉攏投靠了劉裕，深忌之。于是常在劉裕面前提及劉穆之權力過重，將來難以抑制，可是劉裕知其心意，反而更加信任劉穆之。
雷池、左里擊敗變民軍後，夏口、潯陽、歷陽收復，劉毅回轉歷陽城，不久上表朝廷，要求督江州軍事。
劉毅奏稱江州處于要沖，與揚州、豫州聯為一體，是京師的屏障。盧循禍亂之後，江州糜爛，百姓寥落無幾，交通不便，如今燕國已平，胡人難以寇江，應將江州州府與軍政分開，厲行簡易仁愛之政，減輕百姓負擔。
瑯琊王因劉裕權柄太重，巴不得有人分權，以天子名義準奏，命衛將軍、豫州刺史劉毅督江州事，移鎮豫章，江州刺史庾悅歸劉毅統轄。
劉毅將鎮所遷至豫章，庾悅的好日子便到了頭。當初劉毅住在京口，尚未入仕，與親友到東堂射箭，恰逢司徒右長史庾悅要用射場，眾人只得避走，唯有劉毅不走，依舊留在東堂射箭。
庾悅隨行帶著廚師，烹飪美味，劉毅見到上前索要烤鵝，被庾悅斷然拒絕，劉毅記恨在心，一直想要報復。
到任豫章後，劉毅命部將趙恢率一千兵馬進駐潯陽，左一道命令右一道公函，讓江州三千文武官吏疲于奔命。即使如此，劉毅對江州事務吹毛求疵，前往潯陽斥責的公文不絕于道，最後劉毅下令庾悅前來豫章听訓。
庾悅知道劉裕是公報私仇，既氣又懼，到豫章後背上生疽，病逝。劉毅順勢上奏朝廷，請加授江州刺史之職，天子準奏。
劉裕冷眼看著劉毅興風作浪，此時的劉毅已經不放在他心上，只待時機成熟，劉裕自信隨時可以平滅他。
真正被劉裕視為對手的是雍兗刺史楊安玄，楊安玄身為雍兗刺史，梁州刺史楊思平、北青州刺史楊孜敬是他的叔輩，司州刺史魯宗之曾是其麾下，司州更被楊安玄的親信架空，亦如同楊安玄的治下一般。
劉裕與劉穆之多次對兩家實力進行過對比，兩人都認為只比楊安玄略勝半籌。
最大的優勢來自劉裕掌握著朝堂，治下有徐州、北冀州、揚州、廣州、交州、荊州等地，至于豫州、江州雖是劉毅治理，其實與司州的情形差不多，月兌不出劉裕的掌心。
所佔的地盤劉裕多于楊安玄，但江南這幾年戰事不斷，百姓死傷、逃亡嚴重，兩家治下的百姓應該差不多，近期劉裕正準備從北冀州遷移原南燕的百姓南下，充實徐州、揚州。
雖然劉裕對北府軍的戰力充滿自信，但卻絲毫不敢小覤雍州軍，特別是雍州軍展現出的軍械明顯優于北府軍，輕騎的數量應該也遠在朝廷兵馬之上，同等數量的兩軍對仗，劉裕還真不敢說會贏。
與盧循水師交戰，劉裕俘獲了六艘「八艚艦」，獲悉了水密艙的秘密，當初沈田子鑿船不沉的原因找到了。
劉裕下令水師改造船艦，此次與變民軍爭鋒，暴露出朝廷水師不少漏洞，要及時修補，希望將來有能力在水上與雍州水師爭雄。
楊家犁、斬鐵刀、水密艙船，這些技術讓劉裕深感不安，他奏請天子重設將作大匠，設監一名，秩二千石，與九卿同列，少卿兩名，官吏若干；除掌宮室、宗廟、陵寢等土木營建外，執掌天下匠人，選拔能工巧匠為官；命沈田子執掌諜報司，主要的任務是刺探雍州軍械的秘密，打听雍兗之地的情報。
有感于爭戰致使各地凋敝不堪，百姓或亡或逃，很多郡縣的百姓比起二十年前僅有十之三四。劉裕奏請天子把俘獲的變民軍安置在廣陵、京口以及三吳一帶屯田，將無主的田地拿出來授于逃亡山中的百姓，凡入籍者每丁授田五十畝。
要戰勝楊安玄，就要借助皇權推行仁政，收攏百姓民心。與劉穆之、劉敬宣等人多次商討後，劉裕雄心勃勃地要進行一系列「改革」。
有的人死了，但沒有完全死……